Automatisert DNA-sekvensering ved kapillær elektroforese
separasjon av produktene av en radioaktivt merket eller fluorescerende dideoksy sekvensering reaksjon har historisk blitt gjort i en poly-akrylamid skive gel, for eksempel den Typen Som Brukes I En 96-Lane Abi 377. Ulemper ved denne metoden inkluderer nødvendigheten av å forberede en frisk gel for hver sekvensering, manuell lasting av prøver i gelen, relativt lange løpstider (8 ~ 10 timer for oppløsning av et 1KB DNA-fragment) og vanskeligheter med automatisert og/eller manuell sporing av baner.
en alternativ separasjonsmetode bruker kapillær elektroforese. En serie av standarddideoksy DNA-sekvenseringsreaksjoner fremstilles, hver i en brønn på en 8 rad x 12 kolonne 96-brønnplate. En serie av ultra-tynne kapillarrør (0.1 mm inne boring, 50 ~ 80 cm lengde) er fylt med en harpiks perle blanding og plassert i en multi-kapillær array. Den ene enden av matrisen er montert i en negativt ladet Katodeplate slik at endene deres justeres med hver brønn på prøveplaten. Anvendelse av høyspenning fører til at det merkede DNA i hver prøvebrønn går inn i den tilsvarende kapillæren, og migrerer selv om den mot det positivt ladede Anodereservoaret. På grunn av de høye spenningene som brukes, krever elektroforetisk separasjon bare 1 ~ 3 timer. Som i slab-gel elektroforese beveger de mindre fragmentene seg raskere enn de større . Sluttmerkefargene aktiveres av en laser i detektorvinduet , og fluorescensbølgelengden til hvert fragment leses av et fotometer når det passerer et fast punkt. I motsetning til skive gel system, laser og fotometer er fast og ubevegelig, og kan aktivere og lese flere side-by-side kapillærer samtidig som separate datastrømmer: dette unngår problemet med å spore separate baner i en skive gel. Mobilitetsdata sendes til en datamaskin, og et kromatogram genereres for hver prøve som i det vesentlige er identisk med de i slab gel-systemet. Kapillær sequencere bruker vanligvis en robot til å laste en stabel med prøveplater automatisk. Kapillær array er spylt med buffer mellom platene, slik at maskinen kan stå for å kjøre uten tilsyn for mange kjører. I de største anleggene KAN PCR-reaksjoner også kobles direkte til sekvenseringsplater i robotarbeidsstasjoner som betjener dusinvis eller hundrevis av kapillærsekvenser. Chromatogram data er plassert på en server, og kan lastes ned av brukere hundrevis eller tusenvis av miles away. Skalaøkonomier kan gjøre det billigere å outsource DNA-sekvensering i stedet for å kjøpe, vedlikeholde og bemanne en intern maskin.
