de fysiske og kjemiske barrierer som forhindrer patogener i å komme inn i kroppens vev i utgangspunktet, overses ofte. Som Figur 1 viser, er den mest omfattende barrieren det vanntette laget av hud som dekker kroppens overflate. Menneskelig hud holder de fleste patogener ute så lenge det forblir intakt. Hastigheten som et kutt eller beite kan bli smittet med, er en påminnelse om beskyttelsen vi vanligvis får fra huden vår.

Figur 1 Fysiske og kjemiske barrierer mot infeksjon.

Vektorbårne infeksjoner (f. eks. malaria) overføres ved å bite virvelløse dyr (f.eks. mygg) som trenger inn i huden når man tar et blodmåltid. Mennesker er også sårbare for invasjon av patogener i luft, mat, vann og jord, eller under fysisk kontakt med smittede mennesker, noen dyr (f. eks. griser, hunder, fjærfe) eller deres avføring. Som Figur 1 illustrerer, er den indre overflaten av luftveiene (nese, hals, luftveier og lunger), mage, tarm, blære og reproduktive kanaler foret med membraner som utskiller geleaktig slim, og presenterer en barriere mot patogener som kommer inn i vevet vårt via disse rutene. Mikroskopiske hår kalt cilia linje luftveiene og ‘beat’ i samklang for å shunt slim som inneholder fanget patogener mot nese og munn, hvor de kan bli utvist av hoste og nysing, eller svelges inn i magen hvor syre ødelegger dem.Figur 1 refererer til konkurranse fra kommensale bakterier (noen ganger referert til som ‘vennlige bakterier’) i tarmen og reproduktive systemet. Commensal bakterier er ikke-patogene innbyggere i tarmen og reproduktive systemet. De opptar plass som ellers kunne kolonisert av patogene arter, og de bruker næringsstoffer til egen vekst, og reduserer dermed ressursene som er tilgjengelige for patogener å formere seg og forårsake sykdom.Kjemiske barrierer mot infeksjon inkluderer enzymer i tårer, spytt og slim som bryter ned overflaten av bakterier. Syren i svette og i magen dreper cellulære patogener, og det er antibakterielle proteiner i sæd(væsken som inneholder mannlig sæd).

de mer komplekse mekanismene i immunsystemet er bare nødvendig hvis patogener bryter disse fysiske og kjemiske barrierer.