som cellemembranen inneholder membraner av noen organeller transportproteiner, eller permeases, som tillater kjemisk kommunikasjon mellom organeller. Permeaser i lysosomalmembranen tillater for eksempel aminosyrer generert inne i lysosomet å krysse inn i cytoplasma, hvor de kan brukes til syntese av nye proteiner. Kommunikasjon mellom organeller oppnås også ved membranpudding prosesser av endocytose og eksocytose, som i det vesentlige er de samme som i cellemembranen (se Over Transport over membranen). På den annen side kan de biosyntetiske og nedbrytende prosessene som foregår i forskjellige organeller kreve forhold som er svært forskjellige fra andre organeller eller cytosol (væskedelen av cellen som omgir organellene). Interne membraner opprettholder disse forskjellige forholdene ved å isolere dem fra hverandre. For eksempel er det indre rommet av lysosomer mye surere enn cytosol-pH 5 i motsetning til pH 7-og opprettholdes av spesifikke protonpumpende transportproteiner i lysosommembranen.en annen funksjon av organeller er å hindre konkurrerende enzymatiske reaksjoner fra å forstyrre hverandre. For eksempel syntetiseres essensielle proteiner på det grove endoplasmatiske retikulumet og i cytosolen, mens uønskede proteiner brytes ned i lysosomene og også til en viss grad i cytosolen. På samme måte blir fettsyrer laget i cytosolen og deretter enten brutt ned i mitokondriene for SYNTESE AV ATP eller degradert i peroksisomene med samtidig generering av varme. Disse prosessene må holdes isolert. Organellmembraner forhindrer også potensielt dødelige biprodukter eller enzymer fra å angripe sensitive molekyler i andre områder av cellen ved å sekvestere slike nedbrytende aktiviteter i deres respektive membranbegrensede rom.de indre membranene til eukaryote celler varierer både strukturelt og kjemisk fra den ytre cellemembranen. Som den ytre membranen er de konstruert av et fosfolipid-dobbeltlag som er innebygd eller bundet, spesifikke membranproteiner (se Ovenfor Kjemisk sammensetning og struktur av membranen). De tre viktigste lipidene som danner den ytre membranen-fosfolipider, kolesterol og glykolipider-finnes også i de indre membranene, men i forskjellige konsentrasjoner. Fosfolipid er det primære lipidet som danner alle cellemembraner. Kolesterol, som bidrar til fluiditeten og stabiliteten til alle membraner, finnes i indre membraner ved omtrent 25 prosent av konsentrasjonen i ytre membran. Glykolipider finnes bare som sporkomponenter av indre membraner, mens de utgjør omtrent 5 prosent av ytre membranlipid.