Grunnvann økosystemer Er de viktigste kildene til drikkevann over hele verden, men de er truet av forurensning og overutnyttelse. Petroleumsutslipp står for den vanligste forurensningskilden, og den høye karbonbelastningen resulterer i anoksi og bratte geokjemiske gradienter. Mikrober spiller en viktig rolle i omdannelsen av petroleumhydrokarboner til mindre giftige stoffer. For å undersøke mikrobielle populasjoner på enkeltcellenivå er fluorescens in situ hybridisering (FISH) nå en veletablert teknikk. Nylig har imidlertid katalysert reporteravsetning (KORT)-FISK blitt introdusert for påvisning av mikrober fra oligotrofiske miljøer. Likevel presenterer petroleumsforurensede akviferer et worst case scenario FOR FISKETEKNIKKER på grunn av kombinasjonen av høy bakgrunnsfluorescens av hydrokarboner og tilstedeværelsen av små mikrobielle celler forårsaket av de lave omsetningshastighetene som er karakteristiske for grunnvannsøkosystemer. Det er derfor ikke overraskende at studier av mikroorganismer fra slike steder hovedsakelig er basert på dyrkingsteknikker, fingeravtrykk og amplikonsekvensering. MEN FOR å avsløre populasjonsdynamikken og interspecies-forholdene til de viktigste deltakerne i forurensningsforringelse, ER FISK et uunnværlig verktøy. I denne studien ble det utviklet en protokoll FOR FISK i kombinasjon med cellekvantifisering ved hjelp av et automatisert tellemikroskop. Protokollen omfatter separasjon og rensing av mikrobielle celler fra sedimentpartikler, cellepermeabilisering og til slutt KORTFISK i mikrobølgeovn. Som et prinsippbevis ble fordelingen Av Arkea og Bakterier vist i 60 sedimentprøver tatt over forurensningsskyen av en akvifer (Leuna, Tyskland), som har vært tungt forurenset med flere ti tusen tonn petroleumhydrokarboner siden Andre Verdenskrig.