installere og bruke checkm

vennligst se prosjektets hjemmeside for bruksdetaljer og installasjonsinstruksjoner: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki

vi anbefaler ikke å installere checkm fra Hovedgrenen. Dette kan være ustabilt. Vennligst installer en offisiell utgivelse Av CheckM eller bruk pip.

Estimering av KVALITETEN på HLR-genomene

Informasjon om å oppnå forbedrede kvalitetsestimater for HLR (Patescibacteria)-genomene finner du her:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Workflows#using-cpr-marker-set

Migrasjon Til Python 3

CheckM har blitt portet til Python 3 for Å imøtekomme Python 2 som når slutten av livet 1.januar, 2020. CheckM >=1.1.0 krever Python 3. Python 2 vil ikke lenger bli støttet aktivt. Beklager eventuelle problemer dette kan forårsake.Massiv takk til baudrly, Vini Salazar og Asaf Peer for første Python 2 til 3 porting.

Python 2 til 3 Validering

Porting Av CheckM Til Python 3 var validering på et sett med 1000 genomer tilfeldig velge FRA GTDB R89 representative genomer. Resultatene ble sammenlignet med de som ble generert Med CheckM v1.0.18, den siste Python 2-versjonen Av CheckM. Identiske resultater ble oppnådd for metodene ‘lineage_wf’,’ taxonomy_wf ‘og’ ssu_finder ‘ på tvers av dette settet med testgenomer. Andre CheckM-metoder har blitt utført på et lite sett med 3 genomer for å verifisere at De kjører til ferdigstillelse under Python 3.

Fjernet Funksjonalitet

følgende funksjoner er fjernet Fra CheckM v1.1.bin_qa_plot: ikke-kritisk, sjelden brukt tomt som ikke skalerer til det store antallet MAGs nå gjenopprettes par_plot: ikke-kritisk plot og den samme informasjonen er bedre presentert i referanse distribusjon plott

cov_pca, tetra_pca: alternativer til disse statiske plottene finnes i verktøy som Anvi ‘ o

len_plot: sjelden brukt plot som i stor grad er overflødig med len_hist og nx_plot plott

bin_union, bin_compare: funksjonsrikt alternativ eksisterer nå som DAS Tool og UniteM

Bug Reports

vennligst rapporter feil gjennom GitHub issues system.