4.1 Proteinvitenskap, fra en aminosyre til sekvenser og strukturer
Proteiner Er store, komplekse molekyler som spiller kritiske roller for å opprettholde normal funksjon av menneskekroppen. De er viktige ikke bare for strukturen og funksjonen, men også reguleringen blant kroppens vev og organer. Proteiner består av hundrevis av mindre enheter kalt aminosyrer som er festet til hverandre av peptidbindinger, og danner en lang kjede.
4.2 Protein aktive steder
Vanligvis lokaliserer det aktive stedet for et protein i sentrum av handlingen og nøkkelen til funksjonen. Det første trinnet er deteksjon av aktive steder på proteinoverflaten og en nøyaktig beskrivelse av deres egenskaper og grenser. Disse spesifikasjonene er viktige innganger for senere måldruggability prediksjon eller mål sammenligning. De fleste algoritmer for aktiv deteksjon av nettstedet er basert på geometrisk modellering eller energiske funksjoner basert beregning.
4.3 rollen av proteinlommer
formen og egenskapene til proteinoverflaten bestemmer hvilke interaksjoner som er mulige med ligander og andre makromolekyler. Lommer er et viktig, men tvetydig trekk ved denne overflaten. Under narkotikaoppdagelsesprosessen er det første trinnet i screening for blyforbindelser og potensielle molekyler som stoffer vanligvis et utvalg av formen på bindingslommen. Form spiller en rolle i mange beregningsmessige farmakologiske metoder. Basert på eksisterende resultater var de fleste funksjonene som var viktige for å forutsi stoffbinding, avhengig av størrelsen og formen på bindingslommen, med de kjemiske egenskapene av sekundær betydning. Overflateformen er også viktig for samspillet mellom protein og vann. Imidlertid er det fortsatt uklart å definere diskrete lommer eller mulige interaksjonssteder, på grunn av formen og plasseringen av nærliggende lommer påvirket promiskuitet og mangfold av bindingssteder. Siden de fleste lommer er åpne for løsemiddel, for å definere grensen av en lomme er den primære vanskeligheten. De som er stengt for løsemiddel, refererer vi til som begravde hulrom. Med fordel av veldefinert omfang, areal og volum er begravde hulrom enklere å finne. I kontrast definerer grensen til en åpen lomme munnen, og den gir avskjæringen for bestemmelse av overflateareal og volum. Selv definere lommen som et sett av rester definerer ikke volumet eller munningen av lommen.
4.4 rolle Prediksjon Av Druggability
i farmasøytisk industri er den nåværende prioriterte strategien for målvurdering high-throughput screening (HTS). NMR-screeninger brukes mot store sammensatte datasett. Kjemiske egenskaper av forbindelser som binder seg mot bestemte mål, måles, så hvor godt sammensatte settene binder seg til det kjemiske rommet, bestemmer bindingseffektiviteten. Suksessrater for nesten docking av stofflignende ligander i de aktive stedene i målproteinene vil bli detektert for prioritering, mens de fleste av de aktive stedene ligger i lommene.med fordelene med store mengder strukturdata, har beregningsmetoder fra ulike perspektiver for prediksjon av druggability blitt introdusert i løpet av de siste 30 årene med positive resultater, som et viktig instrument for å akselerere prediksjonstilgjengeligheten. Mange kandidater har blitt integrert i drug discovery pipeline allerede siden da.
