Cheminformatics

Lagring og retrievalEdit

denne delen siterer ingen kilder. Vennligst bidra til å forbedre denne delen ved å legge til sitater til pålitelige kilder. Unsourced materiale kan bli utfordret og fjernet. (Februar 2020) (Lær hvordan og når man skal fjerne denne malmeldingen)

Hovedartikkel: Kjemisk database

en primær anvendelse av kjeminformatikk er lagring, indeksering og søk av informasjon knyttet til kjemiske forbindelser. Det effektive søket etter slik lagret informasjon inkluderer emner som behandles innen datavitenskap, for eksempel datautvinning, informasjonsinnhenting, informasjonsutvinning og maskinlæring. Relaterte forskningstemaer inkluderer:

Filformaterrediger

Hovedartikkel: Kjemisk filformat

in silico-representasjonen av kjemiske strukturer bruker spesialiserte formater som SIMPLIFIED molecular input line entry specifications (SMILES) eller XML-basert Kjemisk Kodespråk. Disse representasjonene brukes ofte til lagring i store kjemiske databaser. Mens noen formater er egnet for visuelle representasjoner i to-eller tre dimensjoner, andre er mer egnet for å studere fysiske interaksjoner, modellering og docking studier.

Virtual librariesEdit

denne delen er avhengig for mye på referanser til primærkilder. Vennligst forbedre denne delen ved å legge til sekundære eller tertiære kilder. (Februar 2020) (Lær hvordan og når du skal fjerne denne malmeldingen)

Kjemiske data kan gjelde for ekte eller virtuelle molekyler. Virtuelle biblioteker av forbindelser kan genereres på ulike måter for å utforske kjemisk rom og hypoteser nye forbindelser med ønskede egenskaper. Virtuelle biblioteker av klasser av forbindelser (narkotika, naturlige produkter, mangfoldsorienterte syntetiske produkter) ble nylig generert ved HJELP AV FOG (fragment optimized growth) algoritmen. Dette ble gjort ved å bruke kjeminformatiske verktøy for å trene overgangssannsynligheter For En Markov-kjede på autentiske klasser av forbindelser, og deretter bruke Markov-kjeden til å generere nye forbindelser som lignet treningsdatabasen.

Virtual screeningEdit

Hovedartikkel: I motsetning til high-throughput screening, innebærer virtuell screening beregningsskreening i silikobiblioteker av forbindelser, ved hjelp av forskjellige metoder som for eksempel dokking, for å identifisere medlemmer som sannsynligvis vil ha ønskede egenskaper, for eksempel biologisk aktivitet mot et gitt mål. I noen tilfeller brukes kombinatorisk kjemi i utviklingen av biblioteket for å øke effektiviteten i gruvedrift av kjemisk rom. Mer vanlig er et mangfoldig bibliotek av små molekyler eller naturlige produkter screenet.

Quantitative structure-activity relationship (QSAR)Edit

Hovedartikkel: Quantitative structure–activity relationship

dette er beregningen av kvantitative struktur-aktivitet forhold og kvantitative struktur eiendom forhold verdier, brukes til å forutsi aktiviteten av forbindelser fra deres strukturer. I denne sammenheng er det også et sterkt forhold til kjemometri. Kjemiske ekspertsystemer er også relevante, siden de representerer deler av kjemisk kunnskap som en in silico-representasjon. Det er et relativt nytt konsept av matchet molekylær par analyse eller prediksjon drevet MMPA som er kombinert MED QSAR modell for å identifisere aktivitet cliff.

KGSAU