SIDEN den opprinnelige utviklingen I 2006 HAR CHARMM-GUI vist seg å være en ideell nettbasert plattform for interaktivt å bygge komplekse systemer og forberede sine innganger med veletablerte og reproduserbare simuleringsprotokoller for toppmoderne biomolekylære simuleringer ved hjelp av mye brukte simuleringspakker som CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond og OpenMM. CHARMM-GUI utviklingsprosjektet har blitt mye vedtatt for ulike formål og inneholder nå en rekke forskjellige moduler designet for å sette opp et bredt spekter av biomolekylære simuleringssystemer i Inngangsgenerator. Mange originale moduler ble utviklet som en intern innsats, men vi har etablert nært samarbeid med utviklerne AV CHARMM og ANDRE MD simuleringspakker for tillegg av nyere moduler.vår filosofi I CHARMM-GUI utvikling er mindre om å gi muttere og bolter av molekylær modellering, men i stedet fokusert på å hjelpe brukerne til å oppnå en oppgave, for eksempel å bygge et membransystem eller solvating et protein, ved å gi en strømlinjeformet grensesnitt. Dette designprinsippet hjelper oss å tenke på arbeidsflyten kritisk når vi designer grensesnittet, noe som fører TIL AT CHARMM-GUI er tilgjengelig for brukere med liten erfaring med modelleringsverktøy og er fortsatt nyttig for eksperter, spesielt for batchgenerering av systemer. CHARMM-GUI har blitt brukt av mange forskere, og det er et anerkjent verktøy i biomolekylære modellering og simulering samfunn (Se Google Scholar Sitater).
UTVIKLINGSPROSJEKTET CHARMM-GUI pågår fortsatt. Disse funksjonene er ikke bare basert på forespørsler fra generelle brukere og utviklere, men også på et voksende behov for en enhetlig plattform for å forberede og utføre ulike avanserte simuleringsmetoder som er utviklet og vil bli utviklet av mange utviklere i ulike simuleringssamfunn og pakker. CHARMM-GUI vil fortsette å hjelpe ekspert og ikke-ekspert forskere fra et bredere spekter av modellering og simulering samfunnet til å bygge komplekse biomolekylære systemer av interesse og forberede innspill filer for noen generell og avansert modellering og simulering gjennom den store og unike omfanget AV CHARMM-GUI funksjonalitet. Det vil også gi en effektiv one-stop online ressurs for det biomedisinske forskningsmiljøet for å utføre nyskapende og ny biomolekylær modellering og simuleringsforskning.
Besøk VÅRT COVID-19-Arkiv for innsamling AV sars-CoV-2-proteinsystemer.
Følg CHARMM-GUI på Twitter: https://twitter.com/CharmmGui.
CHARMM-GUI-serveren vil være nede for vedlikehold lørdag 27. Mars fra 1: 00-2:00 PM (EDT).
CHARMM-GUI vil kreve å opprette en brukerkonto fra en uke etter vedlikeholdet.
