beskrivelse¶

charmm vinkel stilen bruker potensialet

med en ekstra Urey_Bradley term basert på avstanden \(r\) mellom de første og tredje atomer i vinkelen. \(K\), \(\theta_0\),\(K_{ub}\) og \(R_{ub}\) er koeffisienter definert for hver angletype.

Se (MacKerell) for en beskrivelse av CHARMM kraftfelt.

følgende koeffisienter må defineres for hver vinkeltype via kommandoen angle_coeff som i eksemplet ovenfor, eller i datafilen eller start filer som leses av kommandoene read_dataor read_restart:

\(k\) (energi)

• \(\theta_0\) (grader)

• \(K_{ub}\) (energi/avstand^2)

• \(r_{ub}\) (avstand)

\(\theta_0\) er spesifisert i grader, men lammps konverterer det toradians internt; derfor \(k\) er effektivt energi perradian^2.

Stiler med gpu -, intel -, kk -, omp-eller opt-suffiks erfunksjonelt det samme som den tilsvarende stilen uten suffikset.De har blitt optimalisert for å kjøre raskere, avhengig av din availablehardware, som diskutert På Speed packages docpage. De akselererte stilene tar de samme argumentene og børprodusere de samme resultatene, bortsett fra avrundings-og presisjonsproblemer.

disse akselererte stilene er en del av HENHOLDSVIS GPU, USER-INTEL, KOKKOS,USER-OMP og OPT-pakkene. De er bare aktivert ifLAMMPS ble bygget med disse pakkene. Se Bygge pakke doc side for mer info.

du kan angi de akselererte stilene eksplisitt i inndataskriptetved å inkludere deres suffiks, eller du kan bruke kommandolinjebryteren-suffiks når DU påberoper LAMMPS, eller du kan bruke thesuffix-kommandoen i inndataskriptet.

Se Speed packages doc side for merinstruksjoner om hvordan du bruker de akselererte stilene effektivt.