checkmのインストールと使用

使用方法の詳細とインストール手順については、プロジェクトのホームページを参照してください。https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki

Masterブランチからcheckmをインストールすることはお勧めしません。 これは不安定かもしれません。 CheckMの公式リリースをインストールするか、pipを使用してください。

CPRゲノムの品質の推定

CPR(Patescibacteria)ゲノムの品質の改善された推定値の取得に関する情報は、ここで見つけることができます。https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Workflows#using-cpr-marker-set

Python3への移行

CheckMは、Python3に移植され、Python2が2020年1月1日に寿命を迎えることに対応しています。 CheckM>=1.1.0にはPython3が必要です。 Python2は積極的にサポートされなくなります。 これが原因で発生する可能性のある問題については謝罪します。最初のPython2から3への移植のためのbaudrly、Vini Salazar、およびAsaf Peerに感謝します。

Python2to3Validation

CheckMのPython3への移植は、GTDB R89代表的なゲノムからランダムに選択された1,000ゲノムのセットで検証されました。 結果は、CheckMの最後のPython2バージョンであるCheckM v1.0.18で生成された結果と比較されました。 同一の結果は、テストゲノムのこのセット全体で’lineage_wf’、’taxonomy_wf’、および’ssu_finder’方法について得られました。 他のCheckMメソッドは、Python3の下で完了するまで実行することを確認するために、3つのゲノムの小さなセットで実行されています。

削除された機能

以下の機能がCheckM v1.1から削除されました。xコードベースを簡素化し、重要な機能にCheckMとサポート要求を集中するために：

• bin_qa_plot：非クリティカル、まれに使用されるプロットは、現在回復されているMAGs: これらの静的プロットの代替は、Anvi’oのようなツールに存在します
• len_plot:len_histおよびnx_plotプロットと主に冗長であるまれに使用されるプロット
• bin_union,bin_compare:DAS ToolやUniteM

Bug Reports

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