2006年の最初の開発以来、CHARMM-GUIは、CHARMM、NAMD、GROMACS、AMBER、GENESIS、LAMMPS、Desmond、OpenMMなどの広く使用されているシミュレーションパッケージを使用して、最先端の生体分子シミュレーションのための確立された再現性のあるシミュレーションプロトコルを使用して、複雑なシステムを対話的に構築し、その入力を準備するための理想的なwebベースのプラットフォームであることが証明されています。 CHARMM-GUI開発プロジェクトは、様々な目的のために広く採用されており、現在、入力発生器に生体分子シミュレーションシステムの広い範囲を設定するために設計された異なるモジュールの数が含まれています。 多くのオリジナルモジュールは、社内の努力として開発されましたが、我々は新しいモジュールの追加のためにCHARMMや他のMDシミュレーションパッケージの開発者との緊密な協力を確立しています。
CHARMM-GUI開発における私たちの哲学は、分子モデリングのナットとボルトを提供することではなく、合理化されたインターフェイスを提供することに この設計原理は,インタフェースを設計する際にワークフローを批判的に考えるのに役立ち,CHARMM-GUIはモデリングツールの経験がほとんどなく,特にシステムのバッチ生成において専門家にとって有用である。 CHARMM-GUIは多くの研究者によって使用されており、生体分子モデリングおよびシミュレーションコミュニティでよく知られているツールです(Google Scholarの引用を参照)。
CHARMM-GUI開発プロジェクトはまだ進行中です。 これらの機能は、一般ユーザーや開発者からの要求に基づくだけでなく、多様なシミュレーションコミュニティやパッケージで多くの開発者が開発し、開発された様々な高度なシミュレーションアプローチを準備し、実行するための統一されたプラットフォームの必要性にも基づいています。 CHARMM-GUIは、モデリングおよびシミュレーションコミュニティの広い範囲からの専門家および非専門家の研究者が、関心のある複雑な生体分子システムを構築し、CHARMM-GUI機能の大規模かつユニークな範囲を通じて、一般的かつ高度なモデリングおよびシミュレーションのための入力ファイルを準備するのを支援していきます。 また、革新的で斬新な生体分子モデリングとシミュレーション研究を行うための生物医学研究コミュニティのための効果的なワンストップオンライ
SARS-CoV-2タンパク質システムの収集については、COVID-19アーカイブをご覧ください。
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CHARMM-GUIサーバーは、3月27日土曜日の1:00-2:00PM(EDT)のメンテナンスのためにダウンします。
CHARMM-GUIは、メンテナンス後一週間からユーザーアカウントを作成する必要があります。