Description¶

charmm angle styleは、角度の第一原子と第三原子の間の距離\(r\)に基づいて追加のUrey_Bradley項を使用します。 \(K\)、\(\theta_0\)、\(K_{ub}\)、および\(R_{ub}\)は、各角度型に対して定義された係数です。

CHARMM forcefieldの説明については、(MacKerell)を参照してください。次の係数は、上記の例のようにangle_coeffコマンド、またはread_dataor read_restartコマンドによって読み取られるデータファイルまたは再起動ファイルで定義する必要があります。

• \(K\)(energy)

• \(\theta_0\)(degrees)

• \(K_{ub}\)(energy/p>

• \(k_{ub}\)(energy/p>

• \(k_{ub}\)(energy/p>

• \(k_{ub}\)(energy/p>

• \(k_{ub}\)(energy/p>

• \(k_{ub}\)(energy/p>

• \(k_{ub}\)(energy/\(\theta_0\)は度で指定されていますが、LAMMPSはそれを内部的にtoradianに変換します。したがって、\(k\)は実質的にエネルギー perradian^2です。\(r_{ub}\)は角度で指定されていますが、LAMMPSはgpu、intel、kk、omp、またはopt接尾辞を持つスタイルは、機能的には接尾辞を持たない対応するスタイルと同じです。Speed packages docpageで説明されているように、availablehardwareに応じて、より高速に実行するように最適化されています。 加速されたスタイルは、丸め誤差と精度の問題を除いて、同じ引数を取り、同じ結果を生成する必要があります。これらのアクセラレーションされたスタイルは、それぞれGPU、USER-INTEL、KOKKOS、USER-OMP、およびOPTパッケージの一部です。 これらのパッケージを使用して構築された場合にのみ有効になります。 詳細については、ビルドパッケージのdocページを参照してください。

  アクセラレーションされたスタイルは、接尾辞を含めて入力スクリプトで明示的に指定するか、LAMMPSを呼び出すときに-suffixコマンドラインスイッチを使

  加速されたスタイルを効果的に使用する方法の詳細については、Speed packages docページを参照してください。