トラファルガーの戦いとフランスの侵攻の希望が崩壊すると、コットンはポルトガルのテージョ沖に駐留するいくつかの船の指揮を執った。 フランス軍がイベリア半島に侵攻した後、コットンはポルトガル軍の防衛とその後ヴィメイロの戦いで戦ったアーサー-ウェルズリー卿の軍隊を密接に支援した。 新たに昇進したコットン提督はシントラ条約に反対し、リスボンの封鎖されたロシア艦隊が安全にロシアに戻ることを許可する条項を認めることを拒否した。 同盟国と敵の反対に対する封鎖を維持し、コットンは最終的にロシアの提督に、彼の船が合法的にロシアのままであるが、英露の敵対行為の間、英国の港で武装解除された状態で保持される条約の改正に同意することを余儀なくされた。

1808年、コットンはポルトガル沖に留まり、その年の後半にイギリスによるイベリア侵攻のための主要な港としてリスボンを手配しました。 彼はまた、ガリシアに閉じ込められていたジョン-ムーア卿の軍隊の30,000人の海の抽出を計画し、実行した。 コットンの計画は、コルンナの戦いでフランス軍の追撃を破った後、艦隊を輸送して軍隊の大部分を取り除くことを可能にした。 その年の後半、綿花はイギリスに回収された。1810年、コットンはコリングウッドの突然の死の後、地中海艦隊の指揮官にコリングウッド卿の後任として選ばれた。 これは海軍の中で2番目に上級の航海指揮官であり、コットンはトゥーロンでフランス艦隊の封鎖を続け、スペイン南部で活動しているフランス軍に対する海上からの作戦を拡大した。 1811年半ば、コットンはイギリスに召還され、ガンビア卿から海峡艦隊の指揮を執った。 コットンは1812年2月23日、冬の停泊中に艦隊を点検した後、プリマスで倒れ、卒中で死亡した。

コットンは彼の妻とその四人の子供によって生き残った。 レディ・コットンはフィラデルフィア・ローリー（Philadelphia Rowley、1763年頃-1855年）と、ジョシュア・ローリー1世提督の娘であり、艦隊提督ウィリアム・ローリーの孫娘として生まれた。 ローリーズ家はすでに著名な海軍王朝であり、個々の家族によって三人の男爵が得られた。 コットンは1798年にフィラデルフィア-ローリーと結婚した。 彼らの4人の子供のうち、長男は10歳で第6代準男爵サー・セント・ヴィンセント・コットン（Sir St Vincent Cotton,6th Baronet、1801年-1863年）となった。 （彼は1863年の死の直前に結婚しただけで、男爵は1863年の死とともに絶滅した）。 娘のマリー-スザンナ-ローリー（1871年没）は、1822年に第2代卿リチャード-キングの二番目の妻であり、彼との間に何人かの子供をもうけた。

コットンはケンブリッジシャーのランドウェイド教会に埋葬され、彼の家族はマディングリーで彼に記念碑を上げた。 記念碑的なメイソン-フラックスマンによる彼の記念碑は、ケンブリッジシャー教区教会に建てられた。