地下水の生態系は、世界中で最も重要な飲料水源であるが、汚染と過剰搾取によって脅かされている。 石油の流出は汚染の共通のもとを説明し、無酸素および急な地球化学勾配の高炭素の負荷結果。 微生物は、石油炭化水素の毒性の低い物質への変換において主要な役割を果たす。 単一細胞レベルで微生物集団を調査するために、蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）は現在、十分に確立された技術です。 しかし，最近，乏栄養環境からの微生物の検出のために触媒レポーター沈着（ＣＡＲＤ）-ＦＩＳＨが導入されている。 それにもかかわらず、石油汚染された帯水層は、炭化水素の高いバックグラウンド蛍光と、地下水生態系の低い回転率に起因する小さな微生物細胞の存在の組み合わせのために、魚の技術にとって最悪のシナリオを提示する。 したがって、そのような部位からの微生物の研究は、主に栽培技術、指紋、およびアンプリコンシークエンシングに基づいていることは驚くべきことでは しかし、汚染物質の劣化の主要な参加者の人口動態と種間の関係を明らかにするためには、魚は不可欠なツールです。 本研究では、魚のためのプロトコルは、自動計数顕微鏡を用いた細胞定量と組み合わせて開発されました。 プロトコルには、堆積物粒子からの微生物細胞の分離および精製、細胞透過性化、そして最終的には電子レンジでのカードフィッシュが含まれます。 原則の証明として、古細菌と細菌の分布は、第二次世界大戦以来数十万トンの石油炭化水素で大きく汚染されている帯水層（Leuna、ドイツ）の汚染プルームを横切って採取された60の堆積物サンプルで示された。