4.1タンパク質科学、アミノ酸から配列および構造へ

タンパク質は、人体の正常な機能 それらは構造および機能、またボディのティッシュおよび器官間の規則のためにだけでなく、必要です。 タンパク質は、ペプチド結合によって互いに結合し、長鎖を形成するアミノ酸と呼ばれる数百の小さな単位で構成されています。

4.2タンパク質活性部位

通常、タンパク質の活性部位は、その作用の中心に位置し、その機能の鍵となる。 最初のステップは、タンパク質表面上の活性部位の検出およびそれらの特徴および境界の正確な記述である。 これらの指定はそれに続くターゲットdruggabilityの予測またはターゲット比較のための重大な入力である。 活動的な場所の検出のためのアルゴリズムのほとんどは幾何学的な模倣か精力的な特徴に基づく計算に基づいている。

4.3タンパク質ポケットの役割

タンパク質表面の形状と特性は、リガンドや他の高分子との相互作用が可能であるかを決定します。 ポケットはこの表面の重要なけれども曖昧な特徴である。 創薬プロセスの間に、薬物としての鉛化合物および潜在的な分子のスクリーニングの最初のステップは、通常、結合ポケットの形状の選択である。 形状は、多くの計算薬理学的方法において役割を果たす。 既存の結果に基づいて、薬物結合を予測するために重要なほとんどの特徴は、二次的に重要な化学的性質を持つ、結合ポケットのサイズと形状に依存 表面形状は、タンパク質と水との相互作用にとっても重要である。 しかし、離散的なポケットや可能な相互作用サイトを定義することは、まだ原因近くのポケットの形状と位置が乱交と結合部位の多様性に影響を与 ほとんどのポケットは溶剤に開放されているので、ポケットの境界線を定義することは主な困難です。 溶媒に閉じられたものを埋設空洞と呼ぶ。 明確に定義された範囲、面積、および体積の利点により、埋設された空洞はより簡単に見つけることができます。 対照的に、オープンポケットの境界は、その口を定義し、それは表面積と体積の決定のためのカットオフを提供します。 ポケットを残基のセットとして定義しても、ポケットの容積または口を定義するものではありません。

4.4Druggability役割予測

製薬業界では、ターゲット評価のための現在の優先戦略は、ハイスループットスクリーニング（HTS）です。 NMRスクリーニングは、大規模な化合物のデータセットに対して適用されます。 特定の標的と結合する化合物の化学的特性が測定されるので、化合物セットが化学空間にどれだけうまく結合するかが結合効率を決定する。 標的タンパク質の活性部位への薬物様リガンドの事実上ドッキングの成功率は、優先順位付けのために検出されるであろうが、活性部位の大部分は

大量の構造データの利点により、ドラガビリティ予測のための異なる視点からの計算方法は、予測のアクセシビリティを加速するための重要な それ以来、多くの候補者が創薬パイプラインに統合されています。