牛乳のカゼイン含有量は乳タンパク質の約80%を占めています。 主なカゼイン画分は、α(s1)およびα(s2)-カゼイン、γ-カゼイン、およびカッパ-カゼインである。 すべてのカゼインの特徴は、pH4.6での溶解度が低いことです。 一般的な組成因子は、カゼインが共役タンパク質であり、ほとんどがリン酸基（複数可）がセリン残基にエステル化されていることである。 これらのリン酸基はカゼインミセルの構造にとって重要である。 個々のカゼインによるカルシウム結合はリン酸含量に比例する。

カゼインの立体配座は、変性球状タンパク質の立体配座によく似ています。 カゼイン中のプロリン残基の数が多いと、タンパク質鎖の特定の曲がりを引き起こし、閉じた、秩序のある二次構造の形成を阻害する。 カゼインにはジスルフィド結合は含まれていない。 同様に、三次構造の欠如は、展開する構造が非常に少ないため、熱変性に対するカゼインの安定性を説明する。 三次構造がなければ、疎水性残基のかなりの暴露がある。 これはカゼインの強い連合の反作用で起因し、それらを水で不溶解性にします。

カゼインのグループ内では、その電荷分布とカルシウム沈殿に対する感受性に基づいていくつかの特徴があります：

アルファ（s1）-カゼイン：（分子量23,000;199残基、17プロリン残基）

二つの疎水性領域、すべてのプロリン残基を含み、極性領域で分離され、八リン酸基のいずれかを除くすべてを含む。 それはカルシウムの非常に低レベルで沈殿させることができます。

α(s2)-カゼイン:(分子量25,000; 207残基、10プロリン）

N末端近くの負電荷とC末端近くの正電荷を集中しました。 それはまたカルシウムの非常に低レベルで沈殿させることができます。

γ-カゼイン：（分子量24,000;209残基、35プロリン）

高荷電N末端領域および疎水性C末端領域。 非常に両親媒性タンパク質は洗剤分子のように作用する。 自己会合は温度依存性である；２ ０℃では大きなポリマーを形成するが、４℃では形成しない。

カッパ-カゼイン：（分子量19,000; 169残基、20プロリン）

カルシウム沈殿に対して非常に耐性があり、他のカゼインを安定化させる。 Phe105-Met106結合におけるレンネット切断は、疎水性部分、パラ-カッパ-カゼイン、およびカッパ-カゼイングリコマクロペプチド（GMP）、またはより正確には、カゼインマクロペプチド（CMP）と呼ばれる親水性部分を残して、安定化能力を排除する。