Con la battaglia di Trafalgar e il crollo delle speranze francesi di invasione, Cotton prese il comando di diverse navi di stanza al largo del Tago in Portogallo. Dopo l’invasione francese dell’Iberia, Cotton sostenne strettamente le difese portoghesi e successivamente l’esercito sotto Sir Arthur Wellesley che combatté nella battaglia di Vimeiro. L’ammiraglio Cotton, appena promosso, si oppose alla Convenzione di Sintra che pose fine alla campagna e rifiutò di riconoscere la disposizione che permetteva allo squadrone russo bloccato a Lisbona di tornare in Russia. Mantenendo il blocco sulle obiezioni di alleati e nemici, Cotton alla fine costrinse l’ammiraglio russo ad accettare una revisione del trattato in cui le sue navi rimasero legalmente russe ma sarebbero state tenute in uno stato disarmato in un porto britannico per tutta la durata delle ostilità anglo-russe.
Nel 1808, Cotton rimase al largo del Portogallo e organizzò Lisbona come porto principale per l’invasione britannica dell’Iberia nel corso dell’anno. Progettò ed eseguì anche l’estrazione via mare dei 30.000 uomini dell’esercito di Sir John Moore intrappolati in Galizia. I piani di Cotton permisero a una flotta di trasportare la stragrande maggioranza dell’esercito dopo aver sconfitto l’inseguimento francese nella battaglia di Corunna. Alla fine dell’anno, il cotone fu richiamato in Gran Bretagna.
Nel 1810, Cotton fu scelto come sostituto di Lord Collingwood al comando della Mediterranean Fleet dopo la morte improvvisa di Collingwood. Questo era il secondo comando marittimo più anziano della Marina, e Cotton continuò il blocco della flotta francese a Tolone e ampliò le operazioni dal mare contro le truppe francesi che operavano nel sud della Spagna. A metà del 1811, Cotton fu richiamato in Gran Bretagna e prese il comando della Channel Fleet da Lord Gambier al suo ritiro. Cotton era nel posto appena cinque mesi quando il 23 febbraio 1812 crollò e morì di apoplessia a Plymouth dopo aver ispezionato la flotta nei suoi ormeggi invernali.
Cotton è sopravvissuto dalla moglie e dai loro quattro figli. Lady Cotton nacque Philadelphia Rowley (b ca 1763 d 1855), figlia dell’ammiraglio Sir Joshua Rowley 1st Bt, e nipote dell’ammiraglio della Flotta Sir William Rowley. I Rowley erano già una dinastia navale di primo piano, con tre baronetti guadagnati dai singoli membri della famiglia. Cotton sposò Philadelphia Rowley nel 1798. Dei loro quattro figli, il figlio maggiore divenne Sir St Vincent Cotton, 6 ° baronetto (1801-1863) all’età di 10 anni. (Si sposò solo poco prima della sua morte 1863, e il baronetto si estinse con la sua morte nel gennaio 1863). Sua figlia Marie Susanna Rowley poi Lady King (m. 1871) è stata la seconda moglie del vice-ammiraglio Sir Richard King, 2nd Bt, a partire dal 1822, e ha avuto diversi figli da lui.
Cotton fu sepolto nella chiesa di Landwade nel Cambridgeshire con la sua famiglia che gli fece un memoriale a Madingley. Il suo memoriale dal monumentale Mason Flaxman fu eretto nella chiesa parrocchiale del Cambridgeshire.
