Sto analizzando alcune reazioni di Diels-Alder e Povarov con calcoli QM (DFT, fatto su Jaguar da Schrodinger). Sto cercando di considerare ogni possibile prodotto per raccogliere più dati in anticipo alla luce di una possibile variazione asimmetrica, quindi per ogni reazione ho 4 TS (ognuno con una sola frequenza negativa che coinvolge gli atomi giusti e confermata da IRC):
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endo + lato di re del dienofilo
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endo + si lato del dienofilo
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exo + lato di re del dienofilo
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exo + si lato del dienofilo
Io uso le loro energie utilizzando l’equazione di Eyring, si spera di determinare isomerica preferenza.
Sono solo su questo lato del progetto, dal momento che il PI computazionale con cui sono in contatto gestisce principalmente progetti di drug discovery e medchem, non è un esperto di calcoli QM, quindi in pratica sono autodidatta. Vorrei discutere alcune cose con tutti voi:
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Il mio approccio è corretto?
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Ci sono modifiche che potrei fare?
Ora per la vera domanda.
Sto cercando di riprodurre i risultati sperimentali ottenuti. Tuttavia, sto costantemente ottenendo energie TS più basse dagli exo-TS, mentre entrambi gli end-TS hanno un’energia leggermente più alta, mentre dovrebbe essere il contrario, poiché per quanto ne so l’TS TS dovrebbe essere il più basso in energia ma portare al prodotto termodinamicamente meno stabile. Sto cercando un rapporto ex / exo che va da 3:1 a 7: 1. La differenza è troppo piccola per essere rilevata computazionalmente?. Ho provato alcune combinazioni di funzionali DFT, set di base e condizioni di calcolo, poiché la reazione viene eseguita in toluene a -30°C (4x2x4 = 32):
