Parallelo Prelettura per Ensemble Canonico Simulazioni Monte Carlo

al fine di consentire a grande scala simulazioni molecolari, gli algoritmi devono utilizzare in modo efficiente i processori multicore che continuano ad aumentare in totale numero di core nel tempo relativamente stagnante, velocità di clock. Sebbene il software di dinamica molecolare parallelizzata (MD) abbia approfittato di questa tendenza nell’hardware del computer, le perturbazioni a particella singola con Monte Carlo (MC) sono più difficili da parallelizzare rispetto agli aggiornamenti a livello di sistema in MD utilizzando la decomposizione del dominio. Invece, il prefetching ricostruisce la catena di Markov seriale dopo aver calcolato più prove MC in parallelo. Le simulazioni canoniche di ensemble MC di un fluido Lennard-Jones con prefetching hanno portato a un fattore di 1,7 speedup usando 2 thread e un fattore di 3 speedup usando 4 thread. Vengono discusse strategie per massimizzare l’efficienza delle simulazioni di prefetching, incluso il beneficio potenzialmente controintuitivo delle probabilità di accettazione ridotte. La determinazione della probabilità di accettazione ottimale per una simulazione parallela è semplificata dalla previsione teorica dai dati di simulazione seriale. Infine, il codice open source completo per le simulazioni di prefetch parallelo è stato reso disponibile nel toolkit di simulazione di energia libera e campionamento avanzato (FEASST).

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