Installazione e l’utilizzo di CheckM

si Prega di consultare la home page del progetto per informazioni dettagliate sull’utilizzo e istruzioni per l’installazione: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki

Si consiglia di non installare CheckM dal ramo master. Questo potrebbe essere instabile. Si prega di installare una versione ufficiale di CheckM o utilizzare pip.

Stima della qualità dei genomi CPR

Informazioni su come ottenere stime di qualità migliorate per i genomi CPR (Patescibacteria) possono essere trovate qui:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Workflow#using-cpr-marker-set

Migrazione a Python 3

CheckM è stato portato su Python 3 per ospitare Python 2 che raggiunge la fine della vita il 1 gennaio 2020. CheckM >=1.1.0 richiede Python 3. Python 2 non sarà più supportato attivamente. Ci scusiamo per eventuali problemi che questo può causare.

Massive grazie a baudrly, Vini Salazar, e Asaf Peer per Python iniziale 2 a 3 porting.

Python 2 a 3 Validazione

Porting di CheckM a Python 3 è stata la convalida su un insieme di 1.000 genomi selezionati casualmente dal GTDB R89 genomi rappresentativi. I risultati sono stati confrontati con quelli generati con CheckM v1.0. 18, l’ultima versione di Python 2 di CheckM. Risultati identici sono stati ottenuti per i metodi’ lineage_wf’,’ taxonomy_wf ‘e’ ssu_finder ‘ in questo insieme di genomi di test. Altri metodi CheckM sono stati eseguiti su un piccolo set di 3 genomi per verificare che vengano eseguiti fino al completamento in Python 3.

Funzionalità rimossa

Le seguenti funzionalità sono state rimosse da CheckM v1.1.x al fine di semplificare la base di codice e mettere a fuoco CheckM e le richieste di supporto sulla funzionalità critica:

• bin_qa_plot: non critico, trama raramente utilizzato che non scala per il gran numero di RIVISTE ora in fase di recupero
• par_plot: trama non critica e le stesse informazioni è meglio presentato nei grafici di distribuzione di: alternative a questi statico trame esiste in strumenti come Anvi o
• len_plot: usato raramente, trama, che è in gran parte ridondante con il len_hist e nx_plot trame
• bin_union, bin_compare: ricco di funzionalità alternativa esistono ora come DAS Strumento e UniteM

Segnalazioni di Bug

si Prega di segnalare i bug tramite GitHub problemi di sistema.