Dal suo sviluppo originale nel 2006, CHARMM-GUI ha dimostrato di essere una piattaforma web-based ideale per costruire in modo interattivo sistemi complessi e preparare i loro ingressi con protocolli di simulazione consolidati e riproducibili per state-of-the-art simulazioni biomolecolari utilizzando pacchetti di simulazione ampiamente utilizzati come CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond, e OpenMM. Il progetto di sviluppo CHARMM-GUI è stato ampiamente adottato per vari scopi e ora contiene una serie di diversi moduli progettati per impostare una vasta gamma di sistemi di simulazione biomolecolare nel generatore di input. Molti moduli originali sono stati sviluppati come uno sforzo interno, ma abbiamo stabilito strette collaborazioni con gli sviluppatori di CHARMM e altri pacchetti di simulazione MD per l’aggiunta di moduli più recenti.
La nostra filosofia nello sviluppo CHARMM-GUI è meno di fornire i dadi e bulloni di modellazione molecolare, ma invece focalizzata su come aiutare gli utenti a raggiungere un compito, come la costruzione di un sistema a membrana o solvating una proteina, fornendo un’interfaccia semplificata. Questo principio di progettazione ci aiuta a pensare al flusso di lavoro in modo critico durante la progettazione dell’interfaccia, il che porta CHARMM-GUI ad essere accessibile agli utenti con poca esperienza negli strumenti di modellazione e rimane utile agli esperti, specialmente per la generazione in batch di sistemi. CHARMM-GUI è stato utilizzato da molti ricercatori ed è uno strumento ben riconosciuto nelle comunità di modellazione e simulazione biomolecolare (vedi Citazioni di Google Scholar).
Il progetto di sviluppo CHARMM-GUI è ancora in corso. Queste funzionalità non si basano solo sulle richieste di utenti e sviluppatori generici, ma anche sulla necessità emergente di una piattaforma unificata per preparare ed eseguire vari approcci di simulazione avanzati che sono stati sviluppati e saranno sviluppati da molti sviluppatori in diverse comunità e pacchetti di simulazione. CHARMM-GUI continuerà ad aiutare i ricercatori esperti e non esperti di una gamma più ampia della comunità di modellazione e simulazione a costruire i complessi sistemi biomolecolari di loro interesse e preparare i file di input per qualsiasi modellazione e simulazione generale e avanzata attraverso l’ampio e unico ambito di funzionalità CHARMM-GUI. Fornirà inoltre una risorsa online one-stop efficace per la comunità della ricerca biomedica per svolgere ricerche innovative e innovative di modellazione e simulazione biomolecolare.
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Il server CHARMM-GUI sarà spento per la manutenzione sabato 27 marzo dalle 13:00 alle 14:00 (EDT).
CHARMM-GUI richiederà di creare un account utente da una settimana dopo la manutenzione.
