Bowdre ha lavorato come cowboy nei ranch di Thomas Yerby e Pete Maxwell durante la guerra, oltre ad essere un partecipante attivo. Bowdre sposò una venticinquenne messicana, Manuela Herrera, alcuni mesi prima della sua morte.

Manuela era una sorella della moglie di Doc Scurlock, María Antonia Miguela Herrera, conosciuta come Antonia. Il fatto che egli è stato recentemente sposato quando è morto forse suggerisce che egli sarebbe stato meno probabilità di essere stato coinvolto nelle attività della banda durante le poche settimane che passarono tra il suo matrimonio e la sua morte.

Nel dicembre 1880, Charlie Bowdre era pronto a smettere di cavalcare con Billy the Kid e arrendersi per l’omicidio di Buckshot Roberts, ma si unì al resto della banda in una missione per tendere un’imboscata a Pat Garrett a Fort Sumner.

Seguì uno scontro a fuoco, ma Bowdre e la maggior parte dei membri della banda del Ragazzo fuggirono vivi. A dicembre 23, però, la banda è stata rintanata in una casa di roccia a Stinking Springs, New Mexico.

All’alba, Bowdre emerse per dare da mangiare ai cavalli e fu crivellato di colpi di fucile dalla posse di Garrett, che aveva circondato l’edificio nella notte. Più tardi quel giorno, Billy the Kid e i suoi partner si arresero. Dopo essere stato crivellato di proiettili cadde di nuovo sulla porta dove, sotto la spinta di Billy the Kid a “prendere alcuni di loro con te quando muori”, Bowdre fece un’uscita valorosa.

Sfortunatamente, a quel punto era già troppo debole e vicino alla morte e non riusciva a estrarre la pistola dalla fondina. Negli ultimi secondi della sua vita inciampò e cadde verso Garrett ripetendo la frase, ” Vorrei…Magari…”

I suoi resti furono restituiti alla moglie, e fu sepolto accanto a Tom O’Folliard, un altro membro della banda di Billy. Furono raggiunti più tardi da Billy stesso, dopo che fu ucciso nel luglio del 1881.