Chauncy nacque nella classe mercantile puritana che governava Boston, Massachusetts. Il suo bisnonno, Charles Chauncy, dopo il quale è stato nominato, è stato il secondo presidente dell’Harvard College. Suo padre era un mercante di Boston di successo. Chauncy è stato educato alla Boston Latin School e ad Harvard, dove ha ricevuto sia la sua laurea e il suo master in teologia. Nel 1727, Chauncy fu ordinato ministro aggiunto della Prima Chiesa di Boston, la più antica chiesa congregazionale della città e una delle più importanti del New England. Nel 1762, Chauncy divenne pastore della First Church. Servì la congregazione per 60 anni fino alla sua morte.

Chauncy era un oppositore del Primo Grande Risveglio, che divideva le chiese congregazionali tra Vecchie fazioni di Luce e Nuove fazioni di Luce. Come leader delle Vecchie Luci, Chauncy ha parlato contro l’entusiasmo religioso suscitato dai predicatori del risveglio. Chauncy era anche un leader dell’opposizione contro la nomina di un vescovo anglicano per le colonie americane. Durante la Rivoluzione americana, sostenne la causa patriota attraverso sermoni e opuscoli. Secondo gli studiosi di studi religiosi Norman e Lee Gibbs, Chauncy merita il titolo di “teologo della Rivoluzione americana”.

Chauncy è stato un membro fondatore della American Academy of Arts and Sciences (1780) e gli è stato concesso un dottorato onorario di Divinità presso l’Università di Edimburgo. Egli è stato riconosciuto dalla Massachusetts Historical Society (quando il suo ritratto è stato appeso lì) come ” eminente per il suo talento, apprendimento, e amante della libertà, civile e religiosa.”