Description¶

Lo stile dell’angolo charmm utilizza il potenziale

con un ulteriore termine Urey_Bradley basato sulla distanza \(r\) tra il primo e il terzo atomo nell’angolo. \(K\),\(\theta_0\), \(K_{ub}\) e \ (R_{ub}\) sono coefficienti definiti per ogni tipo di angolo.

Vedi (MacKerell) per una descrizione del campo di forza CHARMM.

I seguenti coefficienti devono essere definiti per ogni tipo angolo via theangle_coeff comando, come nell’esempio di cui sopra, o nel file di dati o riavviare file leggere dal read_dataor read_restart comandi:

• \(K\) (energia)

• \(\theta_0\) (gradi)

• \(K_{ub}\) (energia/distanza^2)

• \(r_{ub}\) (a distanza)

\(\theta_0\) è specificato in gradi, ma LAMMPS converte toradians internamente; quindi \(K\) è effettivamente di energia perradian^2.

Gli stili con suffisso gpu, intel, kk, omp o opt sono funzionalmente uguali allo stile corrispondente senza il suffisso.Sono stati ottimizzati per funzionare più velocemente, a seconda del tuo availablehardware, come discusso nella docpage Speed packages. Gli stili accelerati prendono gli stessi argomenti e dovrebbero produrre gli stessi risultati, ad eccezione dei problemi di arrotondamento e precisione.

Questi stili accelerati fanno parte dei pacchetti GPU, USER-INTEL, KOKKOS,USER-OMP e OPT, rispettivamente. Sono abilitati solo se FLAMMPS è stato creato con quei pacchetti. Vedere la pagina del documento Build package per maggiori informazioni.

È possibile specificare esplicitamente gli stili accelerati nello script di input includendo il loro suffisso, oppure è possibile utilizzare l’opzione-suffix della riga di comando quando si invocano LAMMPS, oppure è possibile utilizzare il comando thesuffix nello script di input.

Vedi Speed packages doc page per ulteriori istruzioni su come utilizzare gli stili accelerati in modo efficace.