a trafalgari csata és a francia inváziós remények összeomlása után Cotton átvette a portugáliai Tagus mellett állomásozó több hajó parancsnokságát. Azután francia invázió Ibériába, Cotton szorosan támogatta a portugál védelmet, majd a sereget Sir Arthur Wellesley amely a Vimeirói csata. Az újonnan előléptetett Cotton admirális ellenezte a Sintrai egyezményt, amely véget vetett a hadjáratnak, és nem volt hajlandó elismerni azt a rendelkezést, amely lehetővé tette a blokád alá vett orosz hajóraj biztonságos visszatérését Oroszországba. A szövetségesek és ellenségek kifogásai elleni blokád fenntartása mellett Cotton végül arra kényszerítette az orosz admirálist, hogy fogadja el a szerződés felülvizsgálatát, amelyben hajói jogilag oroszok maradtak, de az angol-orosz ellenségeskedés idejére lefegyverzett állapotban tartják egy brit kikötőben.
1808-ban Cotton Portugálián kívül maradt, és Lisszabont az év későbbi részében Ibéria Brit inváziójának fő kikötőjévé tette. Megtervezte és végrehajtotta Sir John Moore Galíciában rekedt 30 000 emberének tengeri kivonását is. Cotton tervei lehetővé tették a flotta szállítását a hadsereg túlnyomó többségének eltávolítására, miután legyőzték a szoros francia üldözést a Corunnai csata. Az év végén Cottont visszahívták Nagy-Britanniába.
1810-ben Cottont választották Lord Collingwood helyettesévé a mediterrán flotta parancsnoksága alatt Collingwood hirtelen halála után. Ez volt a haditengerészet második legmagasabb rangú tengerhajózási parancsnoksága, és Cotton folytatta a francia flotta szoros blokádját Toulonban, és kiterjesztette a tengeri műveleteket a Dél-Spanyolországban működő francia csapatok ellen. 1811 közepén Cottont visszahívták Nagy-Britanniába, és Lord Gambier-től vette át a csatorna-flotta parancsnokságát. Cotton volt a poszt csak öt hónap, amikor február 23-án 1812-ben összeomlott, és meghalt a gutaütés Plymouth ellenőrzése után a flotta a téli kikötőhelyek.
Cottont felesége és négy gyermekük élte túl. Lady Cotton Philadelphia Rowley néven született (b ca 1763 d 1855), Sir Joshua Rowley admirális 1. Bt lánya, és a flotta Admirálisának unokája William Rowley. A Rowleys már kiemelkedő haditengerészeti dinasztia volt, három báróval, amelyeket az egyes családtagok szereztek. Cotton 1798-ban vette feleségül Philadelphia Rowley-t. Négy gyermekük közül a legidősebb fiú lett Sir St Vincent Cotton, 6. báró (1801-1863) 10 éves korában. (Csak röviddel halála előtt, 1863-ban házasodott meg, a báróság pedig 1863 januárjában bekövetkezett halálával kihalt). Lánya, Marie Susanna Rowley később Lady King (d. 1871) Sir Richard King altengernagy második felesége volt, 2.Bt, 1822-től több gyermeke is volt tőle.
Cottont a cambridgeshire-i Landwade templomban temették el, családja emlékművet emelt neki Madingley-ben. A monumentális mason Flaxman emlékművét a Cambridgeshire plébániatemplomban állították fel.
