1518 nyarán jogi eljárások kezdődtek az egyházi bíróságokon Luther ellen a búcsúk kritikája miatt, ahogyan ez a szokásos eljárás volt a klerikusok számára, akik inkább egyházi, mint polgári joghatóság alá tartoztak. Ennek eredményeként parancsot adtak ki Luthernek, hogy álljon bíróság elé Rómában. Róma azonban feloldotta ezt a követelményt, megnyitva az utat a német földön történő kihallgatásához. Az ügyre kinevezett tanácsadó a Domonkos bíboros és pápai legátus volt Tomas de Vio, akit cajetannak neveztek el olasz szülővárosáról, Gaetáról. Cajetan magas rangú teológus és egyházi volt. Megjelentette Aquinói Summa hosszabb kommentárját, végül a domonkos rend helytartója lett, és beszédet mondott a Lateráni V. megnyitóján 1512-ben. Cajetan elkötelezett tomista volt, aki nagyra tartotta a pápai tekintélyt, és a Lutherrel való összecsapás elkerülhetetlen volt.
Bölcs Frigyes, Luther hercege és a wittenbergi egyetem jótevője gondoskodott a vádlott biztonságos augsburgi viselkedéséről és Cajetan tisztességes meghallgatásáról. A meghallgatást a híres Fugger bankárok otthonában tartották, akiknek X. Leónak a Szent Péter épületéhez nyújtott kölcsöne volt az oka a búcsúk fokozott értékesítésének. Cajetant Róma arra utasította, hogy ne vitassa Luthert, sem végső ítéletet ne hozzon teológiájáról, hanem inkább ragaszkodjon ahhoz, hogy visszavonja az egyszerű revoco szó kimondásával—”visszavonom.”Érkezéskor Luther követte kollégái tanácsát, leborult Cajetan előtt, majd térdre borult, hogy válaszoljon a bíboros kihallgatására. Luther azonban nem volt hajlandó visszavonni álláspontját, ehelyett cajetant sürgette, hogy tisztázza, hol tévedett. Az október 12-14-I egymást követő napokon tartott három találkozó során a teológiailag művelt bíboros nem tudott ellenállni a Lutherrel folytatott vitának.
Cajetan Lutherrel folytatott vitájának központi pontja a pápaság felhatalmazása volt a búcsúk kiadására. Cajetan többször hivatkozott Aquinói és a bika Unigenitus, kihirdette Kelemen VI 1343-ban támogatására búcsúk, hogy igazolja álláspontját. Luther elutasította Aquinói tekintélyét, és azt állította, hogy a pápának nincs felhatalmazása arra, hogy dogmát vezessen be, amely Krisztuson kívül más módon tanítja a megigazulást. Amikor Cajetan a lényegre terelte, Luther azt válaszolta, hogy a pápa, a zsinat és a teológus mind tévedhet, számos középkori teológushoz, sőt a kánonjoghoz fordult érvelésének alátámasztására. A meghallgatás minden egyes napjával a helyzet egyre feszültebbé vált, és végül Cajetan elküldte Luther útját azzal a követeléssel, hogy vonja vissza vagy nézzen szembe a következményekkel, feltehetően bebörtönzéssel és Rómába deportálással.
a heves utolsó ülés után Cajetan mind Johannes von Staupitzot, Luther Ágoston felettesét, mind Venceslaus Link Szász jogi tanácsadóját kérte, hogy távolítsák el Luthertől a visszautasítást, de nem jártak sikerrel. Felismerve a helyzet súlyosságát, Staupitz felmentette Luthert engedelmességi fogadalma alól, és így megszabadította magát Luther tanításának felelősségétől, a fiatal szerzetesre hagyva a következő szavakat: “ne feledd, testvér, hogy ezt Jézus Krisztus nevében kezdted.”Ezzel Luther folytatta ügyét, és felhívást intézett egy jövőbeli Tanácshoz, hogy oldja meg a kérdést—ezt a helyzetet kifejezetten tiltotta az 1460-as pápai bulla Execrabilis, de ő és más németek az évek során különféle módon éltek, és ezt a tridenti zsinat 1545-ös összehívásáig folytatták.
