automatizált DNS kapilláris elektroforézissel történő szekvenálás

a radioaktívan jelzett vagy fluoreszcens dideoxi szekvenálási reakció termékeinek szétválasztását történelmileg poli-akrilamid lemezgélben végezték, például egy 96 sávos Abi 377-ben. Ennek a módszernek a hátrányai közé tartozik a friss gél előkészítése minden szekvenálási futtatáshoz, a minták kézi betöltése a gélbe, viszonylag hosszú futási idők (8 ~ 10 óra az 1Kb DNS-fragmens felbontásához), valamint a sávok automatizált és/vagy kézi követésének nehézségei.

egy alternatív elválasztási módszer kapilláris elektroforézist használ. Standard dideoxi DNS-szekvenálási reakciók sorozatát állítjuk elő, mindegyik egy 8 soros x 12 oszlopos 96 lyukú lemez egy kútjában. Egy sor ultra-vékony kapilláris csövek (0.1 mm belső furat, 50 ~ 80 cm hosszú) tele vannak gyanta gyöngy keverék és helyezzük egy multi-kapilláris tömb. A tömb egyik vége negatív töltésű Katódlemezbe van szerelve úgy, hogy végeik a mintalemez minden egyes kútjához igazodjanak. A magas feszültség hatására az egyes mintákban lévő címkézett DNS belép a megfelelő kapillárisba, és a pozitív töltésű Anódtartály felé vándorol. Az alkalmazott magas feszültségek miatt az elektroforetikus elválasztás csak 1 ~ 3 órát igényel. Mint a lemez-gél elektroforézisben, a kisebb töredékek gyorsabban mozognak, mint a nagyobbak . A végcímke festékeit egy lézer aktiválja a detektorablakban, és az egyes fragmensek fluoreszcencia hullámhosszát egy fotométer leolvassa, amikor egy rögzített ponton halad át. Ellentétben a slab gel rendszerrel, a lézer és a fotométer rögzített és mozgatható, és egyszerre több egymás melletti kapillárist aktiválhat és olvashat különálló adatfolyamként: ez elkerüli a különálló sávok nyomon követésének problémáját a slab gel-ben. A mobilitási adatokat elküldik egy számítógépre, és minden mintához kromatogramot állítanak elő, amely lényegében megegyezik a födémzselé rendszerével.

a kapilláris szekvencerek általában robotot használnak a mintalemezek kötegének automatikus betöltésére. A kapilláris tömböt pufferrel átöblítik a lemezek között, így a gépet sok futásnál felügyelet nélkül lehet hagyni. A legnagyobb létesítményekben a PCR-reakciók közvetlenül összekapcsolhatók a robot munkaállomások szekvenáló lemezeivel is, amelyek több tucat vagy száz kapilláris szekvencert szolgálnak fel. A kromatogram adatok egy szerverre kerülnek, és a felhasználók több száz vagy ezer mérföld távolságban tölthetik le őket. A méretgazdaságosság olcsóbbá teheti a DNS-szekvenálás kiszervezését ahelyett, hogy házon belüli gépet vásárolna, karbantartana és alkalmazna.