néhány Diels-Alder és Povarov reakciót elemezek QM számításokkal (DFT, Schrödinger készítette a Jaguaron). Megpróbálok minden lehetséges terméket megvizsgálni, hogy több adatot gyűjtsek előre egy lehetséges aszimmetrikus variáció fényében, így minden reakcióhoz 4 TS van (mindegyik csak egy negatív frekvenciával rendelkezik, amely magában foglalja a megfelelő atomokat, és az IRC megerősíti):
-
endo + re oldalán a dienofil
-
endo + si oldalán a dienofil
-
exo + re oldalán a dienofil
-
exo + si oldalán a dienofil
fogom használni az energiájukat az Eyring egyenlet, hogy remélhetőleg meghatározni egy izomer preferencia.
egyedül vagyok a projekt ezen oldalán, mivel a számítógépes PI, akivel kapcsolatban állok, elsősorban a kábítószer-felfedezést és a medchem projekteket kezeli, ő nem szakértő a QM számításokban, így a gyakorlatban autodidakta vagyok. Szeretnék néhány dolgot megbeszélni veletek:
-
helyes-e egyáltalán a megközelítésem?
-
van-e bármilyen módosítás, amit megtehetnék?
most az igazi kérdésre.
megpróbálom reprodukálni a kapott kísérleti eredményeket. Ugyanakkor következetesen alacsonyabb TS energiákat kapok az exo-TSs-től, míg mindkét endo-TSs valamivel magasabb energiával rendelkezik, míg ennek fordítva kell lennie, mivel tudomásom szerint az endo TS-nek a legalacsonyabb energiának kell lennie, de a termodinamikailag kevésbé stabil termékhez vezet. Endo/exo arányt Keresek 3:1 és 7:1 között. A különbség túl kicsi ahhoz, hogy számítási szempontból észlelje?. Kipróbáltam a DFT funkcionálok, bázishalmazok és számítási feltételek néhány kombinációját, mivel a reakció toluolban történik -30 C (4x2x4 = 32):
