a felszín alatti vizek ökoszisztémái a legfontosabb ivóvízforrások világszerte, de a szennyeződés és a túlzott kiaknázás fenyegeti őket. A kőolajszivárgások jelentik a leggyakoribb szennyezési forrást, és a magas szénterhelés anoxiát és meredek geokémiai gradienseket eredményez. A mikrobák nagy szerepet játszanak a kőolaj szénhidrogének kevésbé mérgező anyagokká történő átalakításában. A mikrobiális populációk egysejtes szintű vizsgálatához a fluoreszcencia in situ hibridizáció (FISH) ma már jól bevált technika. A közelmúltban azonban katalizált riporter lerakódás (CARD)-halat vezettek be az oligotróf környezetből származó mikrobák kimutatására. Mindazonáltal a kőolajjal szennyezett víztartó rétegek a HALTECHNOLÓGIA szempontjából a legrosszabb forgatókönyvet jelentik, mivel a szénhidrogének magas háttérfluoreszcenciája és a felszín alatti ökoszisztémákra jellemző alacsony forgalom miatt kis mikrobiális sejtek vannak jelen. Ezért nem meglepő, hogy az ilyen helyekről származó mikroorganizmusok vizsgálata többnyire tenyésztési technikákon, ujjlenyomatokon és amplikon szekvenáláson alapul. A szennyezőanyag-lebomlás kulcsfontosságú résztvevőinek populációs dinamikájának és Fajok közötti kapcsolatainak feltárásához azonban a hal nélkülözhetetlen eszköz. Ebben a tanulmányban a halak protokollját fejlesztették ki a sejtek számszerűsítésével kombinálva automatizált számláló mikroszkóp segítségével. A protokoll magában foglalja a mikrobiális sejtek elválasztását és tisztítását az üledékrészecskékből, a sejtek permeabilizációját és végül a mikrohullámú sütőben lévő KÁRTYAHALAKAT. Elvi bizonyítékként az archeák és a baktériumok eloszlását 60 üledékmintában mutatták ki, amelyeket egy víztartó réteg (Leuna, Németország) szennyezőanyag-csóváján vettek át, amely a második világháború óta erősen szennyezett több tízezer tonna kőolaj-szénhidrogénnel.