A checkm telepítése és használata
kérjük, olvassa el a projekt kezdőlapját a használati részletekért és a telepítési utasításokért: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki
nem javasoljuk a Checkm telepítését a fő ágból. Ez instabil lehet. Kérjük, telepítse a checkm hivatalos kiadását, vagy használja a pip-et.
A CPR genomok minőségének becslése
információ a CPR (Patescibacteria) genomok jobb minőségi becsléseinek megszerzéséről itt található:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/munkafolyamatok#a-CPR-marker-set használata
migráció a Python 3-ra
a CheckM-et a Python 3-Ba portolták, hogy a Python 2-t január 1-jén érje el az élet vége, 2020. CheckM > =1.1.0 szükséges Python 3. A Python 2 már nem lesz aktívan támogatott. Elnézést minden olyan kérdésért, amelyet ez okozhat.
masszív köszönhetően baudrly, Vini Salazar, és Asaf Peer a kezdeti Python 2-3 portolás.
Python 2-3 validálás
a CheckM portolása a Python 3-Ba validálás volt egy 1000 genomból álló készleten, véletlenszerűen kiválasztva a GTDB R89 reprezentatív genomokból. Az eredményeket összehasonlítottuk azokkal generált CheckM v1.0.18, Az utolsó Python 2 változata CheckM. Azonos eredményeket kaptunk a’ lineage_wf’,’ taxonomy_wf ‘és’ ssu_finder ‘ módszerekre ebben a tesztgenomban. Más CheckM módszereket hajtottak végre egy kis készleten 3 genomok annak ellenőrzésére, hogy a Python alatt befejeződtek-e 3.
eltávolított funkciók
a következő funkciók eltávolításra kerültek a CheckM v1.1-ből.x annak érdekében, hogy egyszerűsítse a kód alap és a hangsúly CheckM és támogatási kérelmek kritikus funkciók:
- bin_qa_plot: nem kritikus, ritkán használt telek, amely nem skála a nagyszámú mag most vissza
- par_plot: nem kritikus telek és ugyanazt az információt jobban bemutatott referencia elosztási telkek
- cov_pca, tetra_pca: alternatívák ezek statikus telkek léteznek eszközök, mint például Anvi ‘ o
- len_plot: ritkán használt telek, amely nagyrészt felesleges a len_hist és nx_plot telkek
- bin_union, bin_compare: funkciógazdag alternatíva már létezik, mint a DAS eszköz és UniteM
hibajelentések
kérjük, jelentse a hibákat a GitHub issues rendszer.
