CHARMM

a fehérjék CHARMM erőterei a következők: united-atom (néha kiterjesztett atomnak nevezik) CHARMM19, all-atom CHARMM22 és dihedrális potenciál korrigált változata CHARMM22/CMAP, valamint a későbbi verziók CHARMM27 és CHARMM36 és különböző módosítások, mint például CHARMM36m és CHARMM36IDPSFF. A CHARMM22 fehérje erőterében az atomi parciális töltések a modellvegyületek és a víz közötti kölcsönhatások kvantumkémiai számításaiból származtak. Továbbá, CHARMM22 van paraméterezve a TIP3P explicit víz modell. Ennek ellenére gyakran használják implicit oldószerekkel. 2006-ban a CHARMM22/CMAP speciális változatát reparametrizálták az implicit oldószerrel való következetes használat érdekében GBSW.

a CHARMM22 erőtér a következő potenciális energia funkcióval rendelkezik:

V = ∑ b o n a d a s k a b ( b − b-0 ) 2 + ∑ a n g l e s k θ ( θ − θ 0 ) 2 + ∑ d i h e d r a l s k ϕ + ∑ i m p r o p e r s k ω ( ω − ω 0 ) 2 + ∑ U r e y − B r a d l e y k u ( u − u 0 ) 2 + ∑ n o n b o n a d e d ( ϵ + q nem q j ϵ r i j ) {\displaystyle {\begin{igazítva}V=&\összeg _{kötvények}k_{b}(b-p_{0})^{2}+\összeg _{szögek}k_{\theta }(\theta -\theta _{0})^{2}+\összeg _{dihedrals}k_{\phi }\\&+\összeg _{impropers}k_{\omega }(\omega\omega _{0})^{2}+\összeg _{Urey-Bradley}k_{u}(u-u_{0})^{2}\\&+\összeg _{nem kötött} \ balra (\epsilon \ balra + {\frac {q_{i}q_{j}} {\epsilon r_{IJ}} \ jobbra) \ end{igazított}}}

{\displaystyle {\begin{igazított}V = \ sum _ {bonds}k_{b}(b-b_{0})^{2}+\sum _ {szögek}k_ {\theta } (\theta- \ theta _{0})^{2}+\sum _ {dihedrals}k_ {\phi } \\+ \ sum _ {impropers}k_ {\omega } (\omega - \ omega _{0})^{2}+\összeg _ {Urey-Bradley}k_{u}(u-u_{0})^{2}\\+\sum _{nonbonded} \ left (\epsilon\left+{\frac {q_{i}q_{j}} {\epsilon R_{IJ}}\right) \ end{igazított}}}

a kötés, a szög, a dihedrális és a nem kötött kifejezések hasonlóak más erőterekben, például a borostyánban találhatókhoz. A CHARMM erőtér magában foglal egy helytelen kifejezést is, amely a síkon kívüli hajlításra vonatkozik (amely minden olyan négy atom halmazára vonatkozik, amelyek nem kapcsolódnak egymás után), ahol k 0 {\displaystyle k_{\omega }}

{\displaystyle k_{\omega }}

az erőállandó és a 0 {\displaystyle \omega-\omega _{0}}

{\displaystyle \Omega-\Omega _{0}}

a síkon kívüli szög. Az Urey-Bradley kifejezés olyan kereszt-kifejezés, amely 1,3 nem kötött interakciót jelent, amelyeket a kötési és szögfeltételek nem számolnak el; k u {\displaystyle k_{u}}

{\displaystyle k_{u}}

az erőállandó és u {\displaystyle u}

u

az 1,3 atom közötti távolság.

DNS, RNS és lipidek esetében a CHARMM27-et használják. Egyes erőterek kombinálhatók, például a CHARMM22 és a CHARMM27 a fehérje-DNS kötés szimulációjához. A NAD+, a cukrok, a fluorozott vegyületek stb., letölthető. Ezek az erőtér verziószámok a CHARMM verzióra utalnak, ahol először megjelentek, de természetesen felhasználhatók a CHARMM futtatható program későbbi verzióival. Hasonlóképpen, ezek az erőterek felhasználhatók más molekuláris dinamikai programokban, amelyek támogatják őket.

2009-ben bevezették a gyógyszerszerű molekulák általános erőterét (cgenff). “A biomolekulákban és a gyógyszerszerű molekulákban jelen lévő kémiai csoportok széles skáláját fedi le, beleértve számos heterociklusos állványzatot”. Az Általános erőteret úgy tervezték, hogy lefedje a kémiai csoportok bármilyen kombinációját. Ez elkerülhetetlenül a molekulák bármely Alosztályának ábrázolásának pontosságának csökkenésével jár. A Mackerell honlapján többször figyelmeztetik a felhasználókat, hogy ne használják a cgenff paramétereket olyan molekulákra, amelyekre már léteznek speciális erőterek (amint azt fentebb említettük a fehérjék, nukleinsavak stb.).

a CHARMM polarizálható erőtereket is tartalmaz két megközelítés alkalmazásával. Az egyik a fluktuáló töltés (FQ) modell, más néven Töltésegyensúlyozás (CHEQ). A másik alapja a Drude shell vagy diszperziós oszcillátor modell.

Ezen erőterek paraméterei ingyenesen letölthetők a Mackerell weboldaláról.

Vélemény, hozzászólás?

Az e-mail-címet nem tesszük közzé.