Chauncy az elit puritán kereskedői osztályba született, amely Bostonban, Massachusettsben uralkodott. Dédapja, Charles Chauncy, akiről elnevezték, a Harvard Főiskola második elnöke volt. Apja sikeres bostoni kereskedő volt. Chauncy a bostoni Latin iskolában és a Harvardon tanult, ahol mind egyetemi diplomáját, mind teológiai mesterképzését megkapta. 1727-ben Chauncy-t kinevezték Boston első Egyházának, a város legrégebbi gyülekezeti egyházának, és az egyik legfontosabbnak Új-Angliában. 1762-ben Chauncy lett az első templom lelkésze. 60 évig szolgálta a gyülekezetet haláláig.

Chauncy az első nagy ébredés ellenfele volt, amely megosztotta a gyülekezeti egyházakat a régi és az Új Fény frakciói között. A régi fények vezetőjeként Chauncy felszólalt az ébredés prédikátorai által felkavart vallási lelkesedés ellen. Chauncy az amerikai gyarmatok anglikán püspökének kinevezése elleni ellenzék vezetője is volt. Az amerikai forradalom idején prédikációkkal és brosúrákkal támogatta a hazafiak ügyét. Norman és Lee Gibbs vallástudósok szerint Chauncy megérdemli az “amerikai forradalom teológusa”címet.

Chauncy az Amerikai Művészeti és Tudományos Akadémia alapító tagja volt (1780), és az Edinburgh-i Egyetemen díszdoktori fokozatot kapott. A massachusettsi Történelmi Társaság (amikor a portréját ott lógták) elismerte, hogy ” kiemelkedő tehetsége, tanulása és a polgári és vallási szabadság kedvelője.”