leírás 6

a charmm szögstílus a

potenciált használja egy további Urey_Bradley kifejezéssel a szög első és harmadik atomja közötti távolság alapján. A \(K\), \(\theta_0\),\(k_{ub}\) és \(R_{ub}\) együtthatók az egyes angletípusokhoz.

lásd (MacKerell) a CHARMM erőtér leírását.

a következő együtthatókat kell meghatározni az egyes szögtípusokhoz aangle_coeff paranccsal, mint a fenti példában, vagy az adatfájlban vagy a read_dataor read_restart parancsok által olvasott fájlok újraindításában:

• \(K\) (energia)

• \(\theta_0\) (fok)

• \(K_{ub}\) (energia/távolság^2)

• \(R_{UB}\) (távolság)

\(\theta_0\) fokokban van megadva, de a lammps belsőleg toradiánokká alakítja; ezért \(k\) gyakorlatilag energia perradian^2.

a gpu, intel, kk, omp vagy opt utótagú stílusok funkcionálisan megegyeznek a megfelelő stílussal az utótag nélkül.Úgy lettek optimalizálva, hogy gyorsabban fussanak, az elérhető hardverektől függően, amint azt a Speed packages docpage tárgyalja. A gyorsított stílusok ugyanazokat az érveket veszik fel, és ugyanazokat az eredményeket kell eredményezniük, kivéve a kerekítési és pontossági kérdéseket.

ezek a gyorsított stílusok a GPU, a USER-INTEL, a KOKKOS,a USER-OMP és az OPT csomagok részét képezik. Ezek csak akkor engedélyezett ifLAMMPS épült ezekkel a csomagokkal. További információkért lásd a Build package doc oldalt.

megadhatja a gyorsított stílusokat kifejezetten a bemeneti szkriptben, beleértve azok utótagját, vagy használhatja a-utótag parancssori kapcsolót LAMMP-k meghívásakor, vagy használhatja a suffix parancsot a bemeneti szkriptben.

lásd Speed packages doc oldal többutasításokat, hogyan kell használni a gyorsított stílusok hatékonyan.