az eredeti, 2006-os fejlesztés óta a CHARMM-GUI ideális web-alapú platformnak bizonyult komplex rendszerek interaktív felépítéséhez és bemeneteik előkészítéséhez jól megalapozott és reprodukálható szimulációs protokollokkal a legkorszerűbb biomolekuláris szimulációkhoz széles körben használt szimulációs csomagok, például CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond és OpenMM segítségével. A CHARMM-GUI fejlesztési projekt széles körben elfogadott különböző célokra, és most számos különböző modult tartalmaz, amelyek célja a biomolekuláris szimulációs rendszerek széles skálájának felállítása a bemeneti generátorban. Számos eredeti modult házon belüli erőfeszítésként fejlesztettek ki, de szoros együttműködést alakítottunk ki a CHARMM és más MD szimulációs csomagok fejlesztőivel az újabb modulok hozzáadásához.
filozófiánk a CHARMM-GUI fejlesztésben kevésbé a molekuláris modellezés anyáinak és csavarjainak biztosításáról szól, hanem arra összpontosított, hogy segítse a felhasználókat egy olyan feladat elérésében, mint például egy membránrendszer felépítése vagy egy fehérje szolvatálása, áramvonalas interfész biztosításával. Ez a tervezési elv segít abban, hogy kritikusan gondolkodjunk a munkafolyamatról az interfész tervezésekor, ami a CHARMM-GUI-t a modellező eszközök terén kevés tapasztalattal rendelkező felhasználók számára elérhetővé teszi, és továbbra is hasznos a szakértők számára, különösen a rendszerek kötegelt generálásakor. A CHARMM-GUI-t számos kutató használta, és ez egy jól elismert eszköz a biomolekuláris modellezési és szimulációs közösségekben (lásd a Google Scholar idézeteket).
a CHARMM-GUI fejlesztési projekt még folyamatban van. Ezek a funkciók nemcsak az általános felhasználók és fejlesztők kérésein alapulnak, hanem egy olyan egységes platform iránti igényen is, amely különféle fejlett szimulációs megközelítések előkészítésére és végrehajtására szolgál, amelyeket számos fejlesztő fejlesztett ki és fog kidolgozni különböző szimulációs közösségekben és csomagokban. A CHARMM-GUI továbbra is segíti a modellező és szimulációs közösség szélesebb köréből származó szakértői és nem szakértői kutatókat az érdeklődésük komplex biomolekuláris rendszereinek felépítésében, és a charmm-GUI funkcionalitás nagy és egyedi hatókörén keresztül előkészíti a bemeneti fájlokat bármilyen általános és fejlett modellezéshez és szimulációhoz. Ezenkívül hatékony, egyablakos online forrást biztosít az orvosbiológiai kutatóközösség számára innovatív és újszerű biomolekuláris modellezési és szimulációs kutatások elvégzéséhez.
látogassa meg COVID-19 archívumunkat a SARS-CoV-2 fehérje rendszerek gyűjtéséhez.
kövesse CHARMM-GUI a Twitteren: https://twitter.com/CharmmGui.
a CHARMM-GUI szerver március 27 – én, szombaton 1:00-2:00 PM (EDT) között karbantartás miatt leáll.
CHARMM-GUI lesz szükség, hogy hozzon létre egy felhasználói fiókot egy héttel a karbantartás után.
