Trafalgarin taistelun ja ranskalaisten maihinnousutoiveiden romahdettua Cotton otti komentoonsa Useita Taguksen edustalle Portugaliin sijoitettuja aluksia. Ranskan hyökättyä Iberiaan Cotton tuki tiiviisti portugalilaisten puolustusta ja myöhemmin Sir Arthur Wellesleyn johtamaa armeijaa, joka taisteli Vimeiron taistelussa. Vastikään ylennetty amiraali Cotton vastusti sotaretken päättänyttä Sintran sopimusta ja kieltäytyi tunnustamasta määräystä, joka mahdollisti Lissabonissa saarretulle venäläislaivueelle turvallisen kulun takaisin Venäjälle. Cotton ylläpiti saartoa sekä liittolaisten että vihollisten vastalauseiden vuoksi ja pakotti lopulta venäläisen amiraalin suostumaan sopimuksen tarkistamiseen, jossa hänen laivansa pysyivät laillisesti venäläisinä, mutta niitä pidettiin aseettomassa tilassa Brittiläisessä satamassa englantilais-venäläisen vihamielisyyden ajan.

vuonna 1808 Cotton jäi Portugalin edustalle ja järjesti Lissabonin pääsatamaksi brittien hyökkäykselle Iberiaan myöhemmin samana vuonna. Hän myös suunnitteli ja toteutti Sir John Mooren Galiciaan loukkuun jääneiden 30 000 miehen merietsinnät. Cottonin suunnitelmat mahdollistivat laivaston kuljetukset, joilla suuri osa armeijasta saatiin poistettua sen jälkeen, kun he olivat kukistaneet tiiviin ranskalaisten takaa-ajon Corunnan taistelussa. Loppuvuodesta Cotton kutsuttiin takaisin Britanniaan.

vuonna 1810 Cotton valittiin Lordi Collingwoodin tilalle Välimeren laivaston komentajaksi Collingwoodin äkillisen kuoleman jälkeen. Tämä oli laivaston toiseksi vanhin meriosasto, ja Cotton jatkoi Ranskan laivaston tiivistä saartoa Toulonissa ja laajensi operaatioita mereltä Etelä-Espanjassa toimivia ranskalaisia joukkoja vastaan. Vuoden 1811 puolivälissä Cotton kutsuttiin takaisin Britanniaan ja hän otti Kanaalin laivaston komentoonsa Lordi Gambierilta tämän jäädessä eläkkeelle. Cotton oli virassa vain viisi kuukautta, kun 23. helmikuuta 1812 hän romahti ja kuoli apopleksiaan Plymouthissa tarkastettuaan laivastoa sen talvilaitureissa.

Cotton jäi eloon vaimonsa ja heidän neljän lapsensa kanssa. Lady Cotton syntyi Philadelphia Rowley (b ca 1763 d 1855), tytär amiraali Sir Joshua Rowley 1st Bt, ja tyttärentytär laivaston amiraali Sir William Rowley. Rowleyt olivat jo merkittävä laivastodynastia, jonka yksittäiset perheenjäsenet saivat kolme baronettia. Cotton meni naimisiin Philadelphia Rowleyn kanssa vuonna 1798. Heidän neljästä lapsestaan vanhimmasta pojasta tuli Sir St Vincent Cotton, 6. baronetti (1801-1863) 10-vuotiaana. (Hän avioitui vain vähän ennen kuolemaansa 1863, ja paronitar kuoli sukupuuttoon hänen kuollessaan tammikuussa 1863). Hänen tyttärensä Marie Susanna Rowley myöhemmin Lady King (K. 1871) oli vara-amiraali Sir Richard Kingin toinen puoliso vuodesta 1822, ja hänellä oli useita lapsia.

Cotton haudattiin Landwade-kirkkoon Cambridgeshireen perheensä nostaessa hänelle muistomerkkiä Madingleyyn. Hänen monumentaalisen muurari Flaxmanin tekemä muistomerkkinsä pystytettiin Cambridgeshiren seurakunnan kirkkoon.