säilytys-ja noutoedit

keminformatiikan Ensisijainen sovellus on kemiallisiin yhdisteisiin liittyvän tiedon tallentaminen, indeksointi ja haku. Tällaisen tallennetun tiedon tehokas haku sisältää tietojenkäsittelytieteessä käsiteltäviä aiheita, kuten tiedon louhintaa, tiedonhakua, tiedon louhintaa ja koneoppimista. Aiheeseen liittyviä tutkimusaiheita ovat:

Tiedostomuotosedit

kemiallisten rakenteiden in silico-esityksessä käytetään erikoistuneita formaatteja, kuten yksinkertaistettua molecular input line entry specifications (SMILES) tai XML-pohjaista kemiallista merkintäkieltä. Näitä edustustoja käytetään usein säilytykseen suurissa kemiallisissa tietokannoissa. Jotkin muodot soveltuvat kaksi – tai kolmiulotteisiin visuaalisiin esityksiin, kun taas toiset soveltuvat paremmin fyysisten vuorovaikutusten tutkimiseen, mallintamiseen ja telakointitutkimuksiin.

Virtual librariesEdit

kemialliset tiedot voivat koskea todellisia tai virtuaalisia molekyylejä. Yhdisteiden virtuaalikirjastoja voidaan luoda eri tavoin tutkimaan kemiallista tilaa ja hypoteesaamaan uusia yhdisteitä, joilla on haluttuja ominaisuuksia. Yhdistelyluokkien (huumeet, luonnontuotteet, monimuotoisuuteen keskittyvät synteettiset tuotteet) virtuaalikirjastot luotiin äskettäin käyttämällä FOG (fragment optimized growth)-algoritmia. Tämä tehtiin käyttämällä cheminformatic työkaluja kouluttaa siirtymätodennäköisyydet Markovin ketjun aitoja luokkia yhdisteitä, ja sitten käyttämällä Markovin ketju tuottaa uusia yhdisteitä, jotka olivat samanlaisia kuin koulutus tietokanta.

Virtual screeningEdit

toisin kuin suurikapasiteettinen seulonta, virtuaaliseulonta sisältää computationallyscreening in silico libraries of compounds, in various methods kutentaskutus, jotta voidaan tunnistaa jäsenet, joilla on todennäköisesti haluttu ominaisuus, kuten biologinen aktiivisuus tiettyä kohdetta vastaan. Joissakin tapauksissa kirjaston kehittämisessä käytetään kombinatorista kemiaa kemiallisen tilan louhinnan tehostamiseksi. Yleisemmin seulotaan monipuolinen pienten molekyylien tai luonnontuotteiden kirjasto.

Quantitative structure-activity relationship (QSAR)Edit

Tämä on kvantitatiivisen rakenne–aktiivisuussuhteen ja kvantitatiivisen rakenteen ominaisuussuhteen arvojen laskenta, jota käytetään yhdisteiden aktiivisuuden ennustamiseen niiden rakenteista. Tässä yhteydessä on myös vahva yhteys kemometriaan. Kemialliset asiantuntijajärjestelmät ovat myös merkityksellisiä, koska ne edustavat osia kemiallisesta tietämyksestä in silico-esityksessä. On suhteellisen uusi käsite sovitettu molekyyli pari analyysi tai ennustamiseen perustuva MMPA, joka on yhdistetty QSAR malli, jotta voidaan tunnistaa activity cliff.