maidon kaseiinipitoisuus on noin 80% maitoproteiineista. Tärkeimmät kaseiinifraktiot ovat alfa-(s1) ja alfa- (s2)-kaseiinit, ß-kaseiini ja kappa-kaseiini. Kaikkien kaseiinien erottava ominaisuus on niiden alhainen liukoisuus pH: ssa 4,6. Yleinen koostumustekijä on, että kaseiinit ovat konjugoituneita proteiineja, joista suurin osa on fosfaattiryhmiä, jotka on esteröity seriinijäämiksi. Nämä fosfaattiryhmät ovat tärkeitä kaseiinimisellin rakenteelle. Yksittäisten kaseiinien kalsiumsidos on verrannollinen fosfaattipitoisuuteen.

kaseiinien konformaatio muistuttaa paljon denaturoitujen pallomaisten proteiinien konformaatiota. Proliinijäämien suuri määrä kaseiineissa aiheuttaa erityisesti proteiiniketjun taipumista ja estää tiiviiden, järjestyneiden sekundaarirakenteiden muodostumista. Kaseiinit eivät sisällä disulfidisidoksia. Tertiäärirakenteen puute selittää myös kaseiinien säilyvyyden lämpödenaturaatiota vastaan, koska rakennetta on hyvin vähän. Ilman tertiäärirakennetta hydrofobiset jäämät altistuvat huomattavasti. Tämä johtaa kaseiinien voimakkaisiin assosiaatioreaktioihin ja tekee niistä veteen liukenemattomia.

kaseiinien ryhmässä on useita erottavia piirteitä niiden varausjakauman ja kalsiumin saostumisherkkyyden perusteella:

alfa(s1)-kaseiini: (molekyylipaino 23 000; 199 jäämää, 17 proliinijäämää)

kaksi hydrofobista aluetta, jotka sisältävät kaikki proliinijäämät ja joita erottaa napa-alue, joka sisältää yhtä lukuun ottamatta kaikki kahdeksasta fosfaattiryhmästä. Se voi saostua hyvin pieninä kalsiumpitoisuuksina.

alfa (s2) – kaseiini: (molekyylipaino 25 000; 207 jäämiä, 10 proliinia)

konsentroidut negatiiviset varaukset lähellä N-terminaalia ja positiiviset varaukset lähellä C-terminaalia. Se voi saostua myös hyvin pieninä kalsiumpitoisuuksina.

ß-kaseiini: (molekyylipaino 24 000; 209 jäämää, 35 proliinia)

voimakkaasti varautunut N-terminaalinen alue ja hydrofobinen C-terminaalinen alue. Hyvin amfifiilinen proteiini toimii pesuainemolekyylin tavoin. Self association on lämpötilasta riippuvainen; muodostaa suuren polymeerin 20° C: ssa, mutta ei 4° C: ssa.vähemmän herkkä kalsiumin saostumiselle.

kappa-kaseiini: (molekyylipaino 19 000; 169 jäämiä, 20 proliinia)

kestävät hyvin kalsiumin saostumista, stabiloivat muita kaseiineja. Juoksetteen pilkkoutuminen Fe105-Met106-sidoksessa poistaa stabilointikyvyn, jolloin jäljelle jää hydrofobinen osa, para-kappa-kaseiini, ja hydrofiilinen osa, jota kutsutaan kappa-kaseiiniglykomakropeptidiksi (GMP) tai tarkemmin kaseiinimakropeptidiksi (CMP).