automatisoitu DNA sekvensointi kapillaarielektroforeesilla
radioaktiivisesti leimatun tai fluoresoivan dideoksisekvenssireaktion tuotteiden erottelu on perinteisesti tehty polyakryyliamidilevygeelissä, jollaista käytetään esimerkiksi 96-Kaistaisessa Abi 377-geelissä. Haittoja pois tämä menetelmä sisältää tarpeen valmistella tuoretta geeliä kunkin sekvensointi ajaa, manuaalinen lastaus näytteiden geeli, suhteellisen pitkiä aikoja (8 ~ 10 tuntia resoluutio 1KB DNA fragmentti), ja vaikeuksia automatisoitu ja/tai manuaalinen seuranta kaistaa.
vaihtoehtoisessa erotusmenetelmässä käytetään kapillaarielektroforeesia. Valmistetaan sarja tavanomaisia dideoksi-DNA-sekvensointireaktioita, joista kukin on yhdessä 8 rivin x 12 sarakkeen 96-porauslevyn kaivossa. Sarja erittäin ohuita kapillaariputkia (0.1 mm sisällä kantoi, 50 ~ 80 cm pituus) täytetään hartsi helmi seos ja sijoitetaan monen kapillaari array. Ryhmän toinen pää on asennettu negatiivisesti varautuneeseen Katodilevyyn siten, että niiden päät ovat linjassa näytelevyn jokaisen kuopan kanssa. Suurjännitteen soveltaminen aiheuttaa merkityn DNA: n jokaisessa näytteessä hyvin päästä vastaavaan kapillaari, ja siirtyä vaikka se kohti positiivisesti varautunut anodi säiliö. Koska korkea jännite käytetään, elektroforeettinen erottaminen vaatii vain 1 ~ 3 tuntia. Kuten laatageelielektroforeesissa, pienemmät fragmentit liikkuvat nopeammin kuin suuremmat . Päätevärit aktivoidaan ilmaisin-ikkunassa olevalla laserilla, ja fotometri lukee kunkin kappaleen fluoresenssin aallonpituuden sen kulkiessa kiinteän pisteen ohi. Toisin kuin laatageelijärjestelmä, laser ja fotometri ovat kiinteitä ja kiinteitä, ja ne voivat aktivoida ja lukea useita side-by-side-kapillaareja samanaikaisesti erillisinä tietovirtoina: näin vältetään ongelma seurata erillisiä kaistoja laatageelissä. Liikkuvuustiedot lähetetään tietokoneelle, ja jokaisesta näytteestä luodaan kromatogrammi, joka on olennaisesti samanlainen kuin laatageelijärjestelmässä.
Kapillaarisekvensserit käyttävät tyypillisesti robottia lataamaan pinon näytelevyjä automaattisesti. Kapillaaririvistö huuhdellaan puskurilla levyjen välissä, jotta kone voidaan jättää pyörimään vartioimatta monen ajon ajan. Suurimmissa laitoksissa PCR-reaktiot saattavat liittyä myös suoraan robottityöasemien sekvensointilevyihin, jotka huoltavat kymmeniä tai satoja kapillaarisekvenssereitä. Kromatogrammin tiedot sijoitetaan palvelimelle, ja käyttäjät voivat ladata ne satojen tai tuhansien kilometrien päähän. Mittakaavaetujen vuoksi voi olla halvempaa ulkoistaa DNA: n sekvensointi sen sijaan, että ostaisi, ylläpitäisi ja hoitaisi oman koneen.
