Pohjavesiekosysteemit ovat maailmanlaajuisesti tärkeimmät juomaveden lähteet, mutta saastuminen ja liikakäyttö uhkaavat niitä. Öljyvuodot ovat yleisin saastumisen lähde, ja suuri hiilikuormitus aiheuttaa anoksiaa ja jyrkkiä geokemiallisia kaltevuuksia. Mikrobeilla on suuri merkitys maaöljyhiilivetyjen muuttumisessa vähemmän myrkyllisiksi aineiksi. Mikrobipopulaatioiden tutkimiseksi yksisolutasolla fluoresenssi in situ-hybridisaatio (FISH) on nyt vakiintunut tekniikka. Viime aikoina on kuitenkin otettu käyttöön katalysoitu reporter deposition (CARD)-kala oligotrofisten ympäristöjen mikrobien havaitsemiseksi. Raakaöljyn saastuttamat pohjavesimuodostumat ovat kuitenkin kalatekniikan kannalta huonoin mahdollinen skenaario, koska hiilivetyjen suuri fluoresenssi taustalta ja pohjavesiekosysteemeille ominaisten alhaisten kiertonopeuksien aiheuttamat pienet mikrobisolut yhdistyvät. Siksi ei ole yllättävää, että tällaisista paikoista peräisin olevia mikro-organismeja koskevat tutkimukset perustuvat enimmäkseen viljelytekniikoihin, sormenjälkien ottamiseen ja amplikonisekvenssiin. Kala on kuitenkin välttämätön väline, jotta voidaan paljastaa saastumisen keskeisten tekijöiden populaatiodynamiikka ja lajien väliset suhteet. Tässä tutkimuksessa kehitettiin kaloille protokolla yhdistettynä solujen kvantifiointiin automaattisella laskentamikroskoopilla. Protokollaan kuuluu mikrobisolujen erottaminen ja puhdistaminen sedimenttihiukkasista, solujen permeabilisaatio ja lopuksi KORTTIKALA mikroaaltouunissa. Periaatteellisena todisteena Arkeonien ja bakteerien jakautuminen kävi ilmi 60 sedimenttinäytteestä, jotka on otettu pohjavesialueen (Leuna, Saksa) kontaminanttipilvestä, jossa on ollut runsaasti useita kymmeniätuhansia tonneja maaöljyhiilivetyjä toisen maailmansodan jälkeen.