checkmin asentaminen ja käyttö
katso projektin kotisivulta käyttötiedot ja asennusohjeet: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki
emme suosittele checkmin asentamista päähaarasta. Tämä voi olla epävakaata. Asenna virallinen julkaisu CheckM tai käytä pip.
CPR-genomien laadun arviointi
tietoja parannettujen CPR-genomien (Patescibacteria) laatuarvioiden saamisesta löytyy täältä:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Workflows#using-cpr-marker-set
siirtyminen Python 3: een
CheckM on siirretty Python 3: een mukautumaan Python 2: n käyttöiän päättymiseen 1.tammikuuta, 2020. CheckM >=1.1.0 vaatii Pythonin 3. Python 2: ta ei enää tueta aktiivisesti. Pahoittelut kaikista ongelmista, joita tämä voi aiheuttaa.
suuret kiitokset Baudrlylle, Vini Salazarille ja Asaf Peerille alkuperäisestä Python 2-3-siirrosta.
Python 2-3 validointi
CheckM: n siirtäminen Python 3: een oli validointia joukolla, jossa oli 1 000 genomia, jotka valittiin satunnaisesti GTDB: n R89-edustavien genomien joukosta. Tuloksia verrattiin CheckM v1.0.18: lla, joka on Checkmin viimeinen Python 2-versio. Lineage_wf -, taxonomy_wf-ja ssu_finder-menetelmien osalta saatiin identtiset tulokset tämän testigenomien joukon osalta. Muut CheckM-menetelmät on toteutettu pienellä 3 genomin joukolla, jotta voidaan varmistaa, että ne suoritetaan loppuun Python 3: ssa.
poistettu toiminnallisuus
seuraavat ominaisuudet on poistettu CheckM v1.1: stä.x koodipohjan yksinkertaistamiseksi ja kriittisten toimintojen tarkistusten ja tukipyyntöjen tarkentamiseksi:
- bin_qa_plot: ei-kriittinen, harvoin käytetty kuvaaja, joka ei skaalaudu nyt talteen otettujen MAGs-kaavojen suureen määrään
- par_plot: ei-kriittinen kuvaaja ja sama tieto on parempi esittää viitejakauman kuvaajissa
- cov_pca, tetra_pca: vaihtoehtoja näille staattisille tonteille on työkaluissa kuten Anvi ’ o
- len_plot: harvoin käytetty tontti, joka on suurelta osin tarpeeton len_hist-ja nx_plot-tonteille
- bin_union, bin_compare: ominaisuusrikas vaihtoehto on nyt olemassa, kuten das Tool ja UniteM
vikailmoitukset
ilmoita vioista GitHub-ongelmajärjestelmän kautta.
