alkuperäisen vuonna 2006 tapahtuneen kehitystyönsä jälkeen CHARMM-GUI on osoittautunut ihanteelliseksi verkkopohjaiseksi alustaksi, jolla voidaan vuorovaikutteisesti rakentaa monimutkaisia järjestelmiä ja valmistaa niiden syötteitä vakiintuneilla ja toistettavissa olevilla simulointiprotokollilla huipputeknisiin biomolekulaarisiin simulaatioihin käyttäen laajalti käytettyjä simulaatiopaketteja, kuten CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond ja OpenMM. CHARMM-GUI kehitysprojekti on laajalti hyväksytty eri tarkoituksiin, ja se sisältää nyt useita erilaisia moduuleja, jotka on suunniteltu perustamaan laaja valikoima biomolekulaarisia simulointijärjestelmiä Tulogeneraattoriin. Monet alkuperäiset moduulit kehitettiin yrityksen sisäisenä ponnistuksena, mutta olemme tehneet tiivistä yhteistyötä CHARMM-ja muiden MD-simulaatiopakettien kehittäjien kanssa uudempien moduulien lisäämiseksi.
filosofiamme CHARMM-GUI: n kehityksessä ei ole niinkään molekyyli-mallinnuksen mutterien ja pulttien tarjoaminen, vaan sen sijaan keskitymme auttamaan käyttäjiä saavuttamaan tehtävän, kuten rakentamaan kalvojärjestelmän tai solvamaan proteiinia, tarjoamalla virtaviivaisen käyttöliittymän. Tämä suunnitteluperiaate auttaa meitä ajattelemaan työnkulkua kriittisesti käyttöliittymän suunnittelussa, mikä johtaa CHARMM-GUI: n saatavuuteen käyttäjille, joilla on vähän kokemusta mallinnustyökaluista ja jotka ovat edelleen hyödyllisiä asiantuntijoille, erityisesti järjestelmien erätuotannossa. CHARMM-GUI on ollut monien tutkijoiden käytössä, ja se on hyvin tunnettu työkalu biomolekyylimallinnus-ja simulaatioyhteisöissä (katso Google Scholarin lainaukset).
CHARMM-GUI-kehitysprojekti on edelleen kesken. Nämä toiminnot eivät perustu vain yleisten käyttäjien ja kehittäjien pyyntöihin, vaan myös kehittyvään yhtenäisen alustan tarpeeseen valmistella ja toteuttaa erilaisia kehittyneitä simulointimenetelmiä, joita monet kehittäjät ovat kehittäneet ja joita tullaan kehittämään erilaisissa simulaatioyhteisöissä ja-paketeissa. CHARMM-GUI auttaa edelleen asiantuntijoita ja ei-asiantuntijoita tutkijoita laajemmasta mallinnus-ja simulointiyhteisöstä rakentamaan kiinnostuksensa kohteena olevia monimutkaisia biomolekulaarisia järjestelmiä ja valmistamaan tulotiedostot kaikkiin yleisiin ja edistyneisiin mallinnuksiin ja simulaatioihin CHARMM-GUI-toiminnallisuuden laajan ja ainutlaatuisen laajuuden avulla. Se tarjoaa myös tehokkaan yhden luukun verkkoresurssin biolääketieteen tutkimusyhteisölle innovatiivisen ja uudenlaisen biomolekyylimallinnuksen ja simulaatiotutkimuksen tekemiseen.
käy COVID-19-arkistossamme keräämässä SARS-CoV-2-proteiinijärjestelmiä.
seuraa CHARMM-guita Twitterissä: https://twitter.com/CharmmGui.
CHARMM-GUI – palvelin on huollossa lauantaina 27.maaliskuuta kello 13-14 (EDT).
CHARMM-GUI vaatii käyttäjätilin luomisen viikon kuluttua huollosta.
