Bowdre työskenteli sodan edetessä cowboyna Thomas Yerbyn ja Pete Maxwellin karjatiloilla, minkä lisäksi hän oli aktiivinen osallistuja. Bowdre avioitui 25-vuotiaan Meksikolaisnaisen Manuela Herreran kanssa joitakin kuukausia ennen tämän kuolemaa.

Manuela oli Doc Scurlockin vaimon María Antonia Miguela Herreran sisar. Se, että hän oli kuollessaan äskettäin naimisissa, viittaa ehkä siihen, että hän olisi ollut vähemmän todennäköisesti mukana jengin toiminnassa niinä muutamina viikkoina, jotka kuluivat hänen avioliittonsa ja hänen kuolemansa välillä.

joulukuuhun 1880 mennessä Charlie Bowdre oli valmis lopettamaan ratsastamisen Billy The Kidin kanssa ja antautumaan Buckshot Robertsin murhan vuoksi, mutta hän liittyi silti muun jengin joukkoon tehtävällä väijyttää Pat Garrett Fort Sumnerissa.

seurasi tulitaistelu, mutta Bowdre ja suurin osa Kidin jengiläisistä pelastuivat hengissä. Joulukuun 23. päivänä jengi oli kuitenkin linnoittautunut Stinking Springsissä New Mexicossa sijaitsevaan Kivitaloon.

aamunkoitteessa Bowdre ilmaantui ruokkimaan hevosia ja Garrettin joukko ratsasi hänet kiväärinluodeilla, jotka olivat piirittäneet rakennuksen yöllä. Myöhemmin samana päivänä Billy The Kid ja kumppanit luovuttivat. Jouduttuaan luotien runtelemaksi hän putosi takaisin oviaukkoon, jossa Billy The Kidin kehotuksesta ”ota muutama heistä mukaasi, kun kuolet” Bowdre teki urhoollisen poistumisen.

valitettavasti hän oli jo siinä vaiheessa liian heikko ja lähellä kuolemaa eikä saanut asettaan kotelostaan. Elämänsä viimeisinä sekunteina hän kompastui ja kaatui Garrettia kohti toistaen lausetta: ”toivon…Olisikin…”

hänen jäännöksensä palautettiin hänen vaimolleen, ja hänet haudattiin Billyn jengin toisen jäsenen Tom O ’ Folliardin viereen. Heihin liittyi myöhemmin Billy itse, hänen kuoltuaan heinäkuussa 1881.