vuoden 1919 rotumellakan jälkeen, kun mustat taistelivat valkoisten hyökkäyksiä vastaan osana Kaupunkiväkivaltaa lukuisissa kaupungeissa punaisen kesän aikana, Johnson työskenteli National Urban Leaguen tutkijana ja vuonna 1921 hänestä tuli liiton tutkimusjohtaja. National Urban Leaguen aikana hän perusti myös ”Opportunity” – lehden mustan ilmaisun levittäjäksi taiteissa. Hän oli Chicagon rotusuhteiden komission Päätutkija ja kirjoittaja sen mellakkaa käsittelevään raporttiin. Ajan sanomalehdet olivat raportoineet, että yllyttäjät olivat suurelta osin etnisiä irlantilaisia, jotka yrittivät ylläpitää taloudellista ja sosiaalista valta-asemaa mustiin nähden Etelä-Chicagossa; Johnsonin mukaan afroamerikkalaiset olivat kapinoineet taloudellisten ja sosiaalisten mahdollisuuksien kieltämistä vastaan. Hänen työnsä oli perustavaa The Negro in Chicago: A Study of Race Relations and a Race Riot (1922), jonka julkaisi University of Chicago Press. Sitä pidettiin klassisena mallina kattaville komission kertomuksille.
Johnson muutti 1920-luvulla New Yorkiin, jossa hänestä tuli National Urban Leaguen tutkimusjohtaja. Hän oli ”Harlemin renessanssin yrittäjä”, afroamerikkalaisten kirjailijoiden ja taiteilijoiden tuon ajan luova liike. Hän toimitti kahta aikakauslehteä, jotka julkaisivat monia tuon ajan kirjailijoita, ja perusti National Urban Leaguen palkintoja nuorten kirjailijoiden tunnustamiseksi. Harlemissa hän puolusti mustia taiteilijoita sanomalla, että heidän täytyy käyttää omia kokemuksiaan luovuutensa perustana ja hylätä eurooppalaiset standardit. Hänen tavoitteenaan oli parantaa neekerien minäkuvaa ja luonnetta, ja hänestä tuntui, että kirjoittamalla he voisivat saavuttaa tämän.
Return to The SouthEdit
Johnson kaipasi paluuta etelään, ei vain tutkimaan rotusuhteita, vaan muuttamaan niitä. Vuonna 1926 hän muutti Nashvilleen ja toimi Fiskin yliopiston sosiologian laitoksen puheenjohtajana, joka oli historiallisesti musta college. Siellä hän kirjoitti tai ohjasi lukuisia tutkimuksia siitä, miten Yhdistyneet oikeudelliset, taloudelliset ja sosiaaliset tekijät saivat aikaan sortavan roturakenteen. Kaksi hänen teoksistaan on noussut klassikoiksi: Shadow of the Plantation (1934) ja Growing up in the Black Belt (1940).
vuonna 1929 amerikkalainen lähetyssaarnaaja Liberiassa kertoi, että Liberialaisviranomaiset käyttivät sotilaita kootakseen heimoväkeä, jotka lähetettiin pakkotyöläisinä Fernando Pon saarelle.Liberian hallitus kiisti syytteet ja kutsui Kansainliiton tutkintakomission koolle.Komissiota johti brittiläinen Cuthbert Christy.Johnson edusti tuolloin Yhdysvaltoja. Liberian entinen presidentti Arthur Barclay edusti maataan. Huhtikuuta 1930 ja se aloitti työnsä 8. Selvitysten tuloksena syntyi syyskuussa jätetty suorasanainen raportti 1930.It havaitsi, että työläiset oli värvätty ”rikollisen pakon vallassa, jota tuskin erottaa orjaryöstöstä ja orjakaupasta.”Christyn raportin seurauksena presidentti Charles D. B. King ja varapresidentti Allen N. Yancy erosivat molemmat.
vuonna 1930 Johnson sai Harmon Prize for Science-palkinnon teoksestaan The Negro in American Civilization.
vuonna 1946 Johnson nimitettiin Fiskin yliopiston ensimmäiseksi mustaksi rehtoriksi. Hän houkutteli erinomainen tiedekunta, mukaan lukien kirjailija Arna Bontemps, James Weldon Johnson, Aaron Douglas ja others.In 1946 Johnson oli yksi 20 amerikkalaisesta opettajasta, jotka valittiin neuvomaan koulutusuudistuksessa miehitetyssä Japanissa. Hän oli myös konsulttina useissa Valkoisen talon konferensseissa liittyen youth in American Societyyn, ja jäsenenä Fulbright-ohjelman ensimmäisessä ulkomaisten stipendien johtokunnassa.
Johnson eli juhlistaakseen korkeimman oikeuden ratkaisevaa päätöstä Brown vastaan Board of Education (1954), jonka mukaan rotuerottelu julkisissa kouluissa oli perustuslain vastaista. Hän oli keskeisessä roolissa, kun päätös pyrittiin toteuttamaan ”massiivisen vastarinnan” edessä etelässä. Hänen ja hänen ikätovereidensa työ vaikutti myös 1960-luvun puolivälin liittovaltion kansalaisoikeuslainsäädännön läpiviemiseen.
hän oli Alpha Phi Alpha fraternityn jäsen. Hän oli myös charter jäsen Zeta Rho luvun Phi Mu Alpha Sinfonia music veljeys, chartered at Fisk 1953.
Johnson kuoli yllättäen vuonna 1956. Hän oli matkalla junalla Nashvillestä New Yorkiin, kun hän sai sydänkohtauksen laiturilla pysäkillä Louisvillessä Kentuckyssa. Hän oli 63-vuotias.
