Charles McBurney syntyi 1845. Hän valmistui taiteen maisteriksi Harvard Collegesta vuonna 1866 ja suoritti lääketieteen tutkinnon Columbian yliopiston College of Physicians and Surgeonsissa New Yorkissa maisterintutkinnon vuonna 1870. Hän harjoitteli edelleen Euroopassa 2 vuotta ja aloitti harjoittelun New Yorkissa vuonna 1873. Hänestä tuli Bellevuen sairaalan apulaiskirurgi 1880 ja Roosevelt-sairaalan (nykyinen Mount Sinai West) ylilääkäri 1888. Täällä hän teki kuuluisimman työnsä umpilisäkkeen, jossa hän esitteli raporttinsa operatiivisesta johtamisesta New York Surgical Societylle vuonna 1889. Hän kuvaili umpilisäkkeen pahimman arkuuden kohtaa, joka tunnetaan nykyään McBurneyn pisteenä. Hän oli kirurgian professori 1889-1907, minkä jälkeen hänestä tuli kirurgian emeritusprofessori. Hän edisti edelleen umpilisäkkeen tulehduksen hoitoa, ja vuonna 1894 hän kuvaili käyttämäänsä viiltoa; vaikka viiltoa oli aiemmin kuvannut Louis L. MacArthur, se tuli tunnetuksi McBurneyn viiltona. Hän sai kunniatohtorin apurahan Royal College of Surgeons of Edinburgh vuonna 1905 aikana college 400 TH anniversary juhlia. Kunniakirja myönnettiin ajan 36 tunnetuimmalle kirurgille.
lisäksi hänen työstään umpilisäkkeen, McBurney julkaisi myös papereita hoitoon pyloric ahtauma, hoito olkapään sijoiltaan murtuma olkaluun, ja sappikivi tauti. Hän otti käyttöön myös kumihanskojen käytön leikkauksissaan parantaakseen aseptista tekniikkaa William Halstedin johdolla.
kun Yhdysvaltain presidentti William McKinley ammuttiin 6.syyskuuta 1901, tohtori McBurney johti lääkintäryhmää, joka valvoi hänen toipumistaan hätäleikkauksen jälkeen ja ilmoitti lehdistölle 10. syyskuuta, että presidentin tila oli paranemassa ja että hän oli turvassa.
hän oli innokas metsästäjä ja kalastaja ja kuoli vuonna 1913 metsästysretkellä Massachusettsissa.
hänen pojanpoikansa oli yhdysvaltalainen arkeologi Charles McBurney ja pojanpoikansa englantilainen näyttelijä, kirjailija ja ohjaaja Simon McBurney.
