Chauncy syntyi Massachusettsin Bostonia hallinneeseen puritaanien eliittikauppiasluokkaan. Hänen isoisoisänsä Charles Chauncy, jonka mukaan hänet nimettiin, oli Harvard Collegen toinen presidentti. Hänen isänsä oli menestyvä bostonilainen kauppias. Chauncy opiskeli Boston Latin Schoolissa ja Harvardissa, jossa hän sai sekä perustutkinnon että teologian maisterin arvon. Vuonna 1727 Chauncy vihittiin apulaispappiksi Bostonin ensimmäiseen kirkkoon, joka on kaupungin vanhin Kongregationalistinen kirkko ja yksi Uuden-Englannin tärkeimmistä. Vuonna 1762 Chauncysta tuli ensimmäisen kirkon pastori. Hän palveli seurakuntaa 60 vuotta kuolemaansa saakka.

Chauncy oli ensimmäisen suuren heräämisen vastustaja, joka jakoi Kongregationalistiset kirkot vanhan valon ja uuden valon ryhmittymiin. Vanhojen valojen johtajana Chauncy puhui herätyssaarnaajien herättämää uskonnollista innostusta vastaan. Chauncy oli myös oppositiojohtaja, joka vastusti anglikaanisen piispan nimittämistä Amerikan siirtomaihin. Amerikan vallankumouksen aikana hän tuki Patrioottien asiaa saarnoilla ja pamfleteilla. Uskontotieteen tutkijoiden Norman ja Lee Gibbsin mukaan Chauncy ansaitsee arvonimen ”Amerikan vallankumouksen teologi”.

Chauncy oli American Academy of Arts and Sciencesin (1780) perustajajäsen ja sai Edinburghin yliopistosta Divinity-tutkinnon kunniatohtorin arvon. Massachusetts Historical Society tunnusti hänet (kun hänen muotokuvansa ripustettiin sinne) ” arvostetuksi kyvyistään, oppimisesta ja vapauden rakastajasta, kansalais-ja uskonnollisesta.”