Description¶

charmm-kulmatyyli käyttää potentiaalia

ylimääräisellä Urey_Bradley-termillä, joka perustuu kulman ensimmäisen ja kolmannen atomin väliseen etäisyyteen \(r\). \(K\), \(\theta_0\),\(K_{ub}\) ja \(R_{ub}\) ovat kullekin angletyypille määriteltyjä kertoimia.

Katso (MacKerell) kuvaus CHARMM-voimakentästä.

jokaiselle kulmatyypille on määriteltävä seuraavat kertoimet angle_coeff-komennolla, kuten yllä olevassa esimerkissä, tai read_dataor read_restart-komennoilla luettujen tiedostojen kautta:

• \(k\) (energia)

\(\theta_0\) (asteet)

• \(K_{ub}\) (energia/etäisyys^2)

• \(R_{UB}\) (etäisyys)

\(\theta_0\) on määritelty asteina, mutta lammps muuntaa sen toradiaaniksi sisäisesti; näin \(k\) on käytännössä energiaperadian^2.

tyylit, joissa on gpu, intel, kk, omp tai opt-pääte, ovat toiminnallisesti samat kuin vastaava tyyli ilman päätettä.Ne on optimoitu toimimaan nopeammin, riippuen käytettävissähardware, kuten Speed packages docpage. Nopeutetut tyylit ottavat samat argumentit ja niiden pitäisi tuottaa samat tulokset, lukuun ottamatta pyöristystä ja tarkkuuskysymyksiä.

nämä nopeutetut tyylit ovat osa GPU -, USER-INTEL -, KOKKOS -, USER-OMP-ja OPT-paketteja. Ne ovat käytössä vain ifLAMMPS rakennettiin näiden pakettien. Katso Build package doc-sivulta lisätietoja.

voit määrittää nopeutetut tyylit eksplisiittisesti syöteohjauksessasi sisältäen niiden loppuliitteen, tai voit käyttää-pääte-komentorivikytkintä, kun kutsut LAMMPS: ia, tai voit käyttää suffix-komentoa syöteohjelmassasi.

Katso Nopeuspakettien doc-sivulta lisää ohjeita nopeutettujen tyylien tehokkaasta käytöstä.