Con la Batalla de Trafalgar y el colapso de las esperanzas francesas de invasión, Cotton tomó el mando de varios barcos estacionados frente al Tajo en Portugal. Tras la invasión francesa de Iberia, Cotton apoyó de cerca a las defensas portuguesas y, posteriormente, al ejército de Sir Arthur Wellesley, que luchó en la Batalla de Vimeiro. El almirante Cotton, recién ascendido, se opuso a la Convención de Sintra que puso fin a la campaña y se negó a reconocer la disposición que permitía al escuadrón ruso bloqueado en Lisboa un paso seguro de regreso a Rusia. Manteniendo el bloqueo por encima de las objeciones de aliados y enemigos por igual, Cotton finalmente obligó al almirante ruso a aceptar una revisión del tratado en la que sus barcos permanecían legalmente rusos, pero se mantendrían en un estado desarmado en un puerto británico durante la duración de las hostilidades anglo-rusas.
En 1808, Cotton permaneció fuera de Portugal y organizó Lisboa como el puerto principal para la invasión británica de Iberia a finales de año. También planeó y ejecutó la extracción marítima de los 30.000 hombres del ejército de Sir John Moore atrapados en Galicia. Los planes de Cotton permitieron una flota de transportes para eliminar a la gran mayoría del ejército después de haber derrotado a la persecución francesa en la Batalla de la Coruña. A finales de año, el algodón fue llamado a Gran Bretaña.
En 1810, Cotton fue elegido como reemplazo de Lord Collingwood al mando de la Flota Mediterránea después de la repentina muerte de Collingwood. Este fue el segundo mando marítimo de mayor rango en la Armada, y Cotton continuó el estrecho bloqueo de la flota francesa en Toulon y expandió las operaciones desde el mar contra las tropas francesas que operaban en el sur de España. A mediados de 1811, Cotton fue llamado de vuelta a Gran Bretaña y tomó el mando de la Flota del Canal de Lord Gambier en el retiro de este último. Cotton estaba en el puesto solo cinco meses cuando el 23 de febrero de 1812 colapsó y murió de apoplejía en Plymouth después de inspeccionar la flota en sus atraques de invierno.
A Cotton le sobrevivieron su esposa y sus cuatro hijos. Lady Cotton nació en Filadelfia Rowley (n ca 1763 d 1855), hija del Almirante Sir Joshua Rowley 1st Bt, y nieta del Almirante de la Flota Sir William Rowley. Los Rowley ya eran una dinastía naval prominente, con tres baronetcies ganados por miembros individuales de la familia. Cotton se casó con Philadelphia Rowley en 1798. De sus cuatro hijos, el mayor se convirtió en Sir St Vincent Cotton, 6º Baronet (1801-1863) a la edad de 10 años. (Se casó poco antes de su muerte en 1863, y el título de baronet se extinguió con su muerte en enero de 1863). Su hija Marie Susanna Rowley más tarde Lady King (m. 1871) fue la segunda esposa del vicealmirante Sir Richard King, segundo Bt, a partir de 1822, y tuvo varios hijos con él.
Cotton fue enterrado en la iglesia Landwade en Cambridgeshire con su familia levantando un monumento en su honor en Madingley. Su monumento por el monumental albañil Flaxman fue erigido en la iglesia parroquial de Cambridgeshire.
