En el verano de 1518, comenzaron los procedimientos legales en los tribunales de la iglesia contra Lutero por su crítica a las indulgencias, como era el procedimiento estándar para los clérigos que estaban sujetos a la jurisdicción eclesiástica en lugar de la jurisdicción civil. Como resultado, se emitió una orden para que Lutero fuera juzgado en Roma. Sin embargo, Roma levantó ese requisito, allanando el camino para su interrogatorio en suelo alemán. El consejero designado para ese caso fue el cardenal dominico y legado papal Tomas de Vio, llamado Cayetano por su ciudad natal italiana de Gaeta. Cayetano fue un teólogo y eclesiástico de alto nivel. Había publicado un extenso comentario de la Summa de Aquino, finalmente se convirtió en vicario general de la Orden Dominicana, y pronunció un discurso en la apertura de Letrán V en 1512. Cayetano era un tomista comprometido con una alta visión de la autoridad papal y el choque con Lutero era inevitable.

Federico el Sabio, príncipe de Lutero y benefactor de la universidad de Wittenberg, había dispuesto el salvoconducto del acusado a Augsburgo y una audiencia justa de Cayetano. La audiencia en sí se celebró en la casa de los famosos banqueros Fugger, cuyo préstamo a León X para la construcción de San Pedro fue la causa del aumento de la venta de indulgencias. Cayetano fue dirigida por Roma ni a debate Lutero, ni hacer un juicio final sobre su teología, sino que insistir en que retractarse diciendo la palabra simple revoco—»me retractaba.»Al llegar, Lutero siguió el consejo de sus colegas y se postró ante Cayetano, luego se puso de rodillas para responder al interrogatorio del cardenal. Lutero, sin embargo, se negó a retractarse de sus posiciones y en su lugar presionó a Cayetano para que aclarara dónde estaba en el error. En el transcurso de las tres reuniones en días consecutivos del 12 al 14 de octubre, el cardenal teológicamente erudito no pudo resistir el debate con Lutero.

El punto central de discordia que Cayetano tenía con Lutero era la autoridad del papado para emitir indulgencias. Cayetano citó repetidamente a Aquino y la bula Unigenitus, promulgada por Clemente VI en 1343 en apoyo de las indulgencias, para validar su posición. Lutero rechazó la autoridad de Aquino y afirmó que el papa no tenía autoridad para instituir un dogma que enseñara la justificación a través de cualquier medio que no fuera Cristo. Cuando Cayetano lo presionó sobre el punto, Lutero respondió que el papa, el concilio y el teólogo pueden errar, apelando a numerosos teólogos medievales e incluso al derecho canónico en apoyo de su argumento. Con cada día que pasaba de la audiencia, la situación se hizo cada vez más tensa y, en última instancia, resultó en que Cayetano enviara a Lutero en su camino con la demanda de retractarse o enfrentar las consecuencias, presumiblemente el encarcelamiento y la deportación a Roma.

Después de la acalorada sesión final, Cayetano imploró a Johannes von Staupitz, superior agustino de Lutero, y a Wenceslao Link, su asesor legal sajón, que liberaran un repudio de Lutero, pero no tuvieron éxito. Al darse cuenta de la gravedad de la situación, Staupitz absolvió a Lutero de su voto de obediencia y así se liberó de la responsabilidad de la enseñanza de Lutero, dejando al joven monje con las palabras: «Debes tener en cuenta, hermano, que comenzaste esto en el nombre de Jesucristo.»Con eso, Lutero continuó con su causa e hizo un llamamiento a un futuro concilio para resolver el problema, una situación específicamente prohibida en la bula papal Execrabilis de 1460, pero uno de ellos, él y otros alemanes, se habían aprovechado de diversas maneras a lo largo de los años y continuarían haciéndolo hasta la convocatoria del Concilio de Trento en 1545.