La genética química emplea diversos compuestos de moléculas pequeñas para elucidar procesos biológicos de una manera análoga a las estrategias de mutagénesis en el núcleo de la genética clásica. La detección de bibliotecas de moléculas pequeñas en busca de compuestos que inducen un fenotipo de interés representa el enfoque genético químico avanzado, mientras que el enfoque inverso involucra moléculas pequeñas dirigidas a una sola proteína. Aquí, revisamos las diferencias clave entre los objetivos para el cribado de moléculas pequeñas en la industria y en el mundo académico, los desarrollos recientes en el cribado de alto rendimiento y los recursos disponibles públicamente de colecciones de compuestos, instalaciones de cribado y bases de datos. Un resultado particularmente emocionante de un examen genético químico es el descubrimiento de un papel previamente desconocido para una proteína en una vía junto con compuestos que afectan la función de esa proteína. En casos ilustrativos, tales descubrimientos han llevado al progreso hacia el desarrollo terapéutico y, más comúnmente, han aumentado el tamaño de la «caja de herramientas» de moléculas pequeñas disponible para la comunidad de investigación para el estudio de procesos biológicos.