Instalación y uso de CheckM

Consulte la página de inicio del proyecto para obtener detalles de uso e instrucciones de instalación: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki

No recomendamos instalar CheckM desde la rama maestra. Esto puede ser inestable. Instale una versión oficial de CheckM o use pip.

Estimación de la calidad de los genomas de RCP

La información sobre cómo obtener estimaciones de calidad mejoradas para genomas de RCP (Patescibacteria) se puede encontrar aquí:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Workflows#usando-cpr-marker-set

La migración a Python 3

CheckM se ha portado a Python 3 para adaptarse a Python 2 que llega al final de su vida útil el 1 de enero de 2020. CheckM > = 1.1.0 requiere Python 3. Python 2 ya no será soportado de forma activa. Disculpas por cualquier problema que esto pueda causar.

Enorme gracias a baudrly, Vini Salazar y Asaf Peer para la adaptación inicial de Python 2 a 3.

Validación de Python 2 a 3

La adaptación de CheckM a Python 3 fue validación en un conjunto de 1.000 genomas seleccionados aleatoriamente de los genomas representativos GTDB R89. Los resultados se compararon con los generados con CheckM v1.0.18, la última versión de Python 2 de CheckM. Se obtuvieron resultados idénticos para los métodos’ lineage_wf’,’ taxonomy_wf ‘y’ ssu_finder ‘ en este conjunto de genomas de prueba. Otros métodos CheckM se han ejecutado en un pequeño conjunto de 3 genomas para verificar que se ejecutan hasta su finalización en Python 3.

Funcionalidad eliminada

Las siguientes características se han eliminado de CheckM v1.1.x para simplificar la base de código y centrar las solicitudes de CheckM y soporte en la funcionalidad crítica:

• bin_qa_plot: gráfica no crítica, rara vez utilizada que no se escala a la gran cantidad de MAGs que se están recuperando
• par_plot: gráfica no crítica y la misma información se presenta mejor en las gráficas de distribución de referencia
• cov_pca, tetra_pca: existen alternativas a estas gráficas estáticas en herramientas como Anvi’o
• len_plot: gráfica rara vez utilizada que es en gran medida redundante con las gráficas len_hist y nx_plot
• bin_union, bin_compare: ahora existen alternativas ricas en funciones como DAS Tool y UniteM

Informes de errores

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